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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000272

染色体: Chr06 坐标: 1848748-1849647 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000272
名称SmilChr06G000272
描述zinc finger protein SHOOT GRAVITROPISM 5-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1848748 - 1849647 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987828
GeneID130987828
locus_tag-
NCBI NameLOC130987828
原始查询SmilChr06G000272

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein SHOOT GRAVITROPISM 5-like
产物zinc finger protein SHOOT GRAVITROPISM 5-like
ArabidopsisAT3G48550 (AT3G48550)
SHOOT GRAVITROPISM-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824014]
identity=67.4; qcov=0.667; evalue=2.14e-36; confidence=medium
RiceOs04g0386300
-
identity=48; qcov=0.739; evalue=6.36e-22; confidence=medium
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0009630 (gravitropism)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987828

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767510.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767510.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767510.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767510.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057767510.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1848966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B100
Chr6:1849023 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B44,B95,C5,C79
Chr6:1849063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B103,C49
Chr6:1849180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B133,C17,C77
Chr6:1849224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B11,B134,B14,B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911527.1
TTCCCCCATTTTCTTTCCTAACCCTAATCCCTAACTAATATTTTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCACTCTCACTCCTCATCATCATCATCATCGTTGTTGTTGTCATCATCTTCTTCTTCTTCAATGGATCAAGATCATCAAGAAATGCAACTACTCTCCTCACACCCACACCCTTCTCCGTGGGCGGGTCCGTCGCTGGACCTCCAGCTTTCCATAAGCGTGGCGGGCCCCTTCAAGCCCCCCTCCGCCGCCTCCGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987828
ATGGATCAAGATCATCAAGAAATGCAACTACTCTCCTCACACCCACACCCTTCTCCGTGGGCGGGTCCGTCGCTGGACCTCCAGCTTTCCATAAGCGTGGCGGGCCCCTTCAAGCCCCCCTCCGCCGCCTCCGTGCGGAGCAGCGTGGAGGCGCTCAAGTGGGAGGCGGCGGAGCAGATTCGGCTGGCCGCCATGGAGAAGGCCTACGCCGAGCACATGATGGAGCTGACGAGGCGGGAGATGGAGGTGGCGCAGTCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767510.1
MDQDHQEMQLLSSHPHPSPWAGPSLDLQLSISVAGPFKPPSAASVRSSVEALKWEAAEQIRLAAMEKAYAEHMMELTRREMEVAQSEFLRARSLWERAREEVERAERMRERAAATATATATSACMEITCLSCRHKFRP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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