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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000273

染色体: Chr06 坐标: 1865440-1867869 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000273
名称SmilChr06G000273
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1865440 - 1867869 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987787
GeneID130987787
locus_tag-
NCBI NameLOC130987787
原始查询SmilChr06G000273

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G50390 (EMB3141)
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835107]
identity=56; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0138600
-
identity=48.6; qcov=0.874; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987787

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057767445.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057767445.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767445.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767445.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767445.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1865614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B107,B84,C4
Chr6:1865712 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,C20,C63
Chr6:1865718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,D11
Chr6:1865721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr6:1865907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B83
Chr6:1866003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C42
Chr6:1866096 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B46,C20,C63
Chr6:1866219 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,B33
Chr6:1866225 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,C20,C63
Chr6:1866258 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,C37,D6
Chr6:1866482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr6:1866720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767445.1
699 aa
N
1
350
699
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
PPR
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 167-193 aa PF01535 PPR 195-223 aa PF01535 PPR 269-293 aa PF13041 PPR_2 294-340 aa PF01535 PPR 296-326 aa PF13812 PPR_3 358-408 aa PF01535 PPR 369-396 aa PF13041 PPR_2 394-443 aa PF12854 PPR_1 395-423 aa PF01535 PPR 397-426 aa PF13812 PPR_3 418-478 aa PF01535 PPR 432-459 aa PF01535 PPR 469-490 aa PF20431 E_motif 510-572 aa PF01535 PPR 534-562 aa PF20430 Eplus_motif 578-598 aa PF14432 DYW_deaminase 608-699 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 167 193 2.1e-55 181.9 PPR repeat
XP_057767445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 195 223 2.1e-55 181.9 PPR repeat
XP_057767445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 269 293 2.1e-55 181.9 PPR repeat
XP_057767445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 294 340 2.6e-52 175.4 PPR repeat family
XP_057767445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 296 326 2.1e-55 181.9 PPR repeat
XP_057767445.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 358 408 1.1e-19 70.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 369 396 2.1e-55 181.9 PPR repeat
XP_057767445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 394 443 2.6e-52 175.4 PPR repeat family
XP_057767445.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 395 423 1.4e-33 115.0 PPR repeat
XP_057767445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 397 426 2.1e-55 181.9 PPR repeat
XP_057767445.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 418 478 1.1e-19 70.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 432 459 2.1e-55 181.9 PPR repeat
XP_057767445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 469 490 2.1e-55 181.9 PPR repeat
XP_057767445.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 510 572 3.2e-12 47.2 E motif
XP_057767445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 534 562 2.1e-55 181.9 PPR repeat
XP_057767445.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 578 598 3.5e-06 27.4 E+ motif
XP_057767445.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 608 699 4.5e-33 113.7 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911462.1
AGGTTTGTTAGTTGAACTAACCAACAAACAATTAGCGTGGCGGACAGTTCGAAGCTAAACTCATACAGAGTCCTTCAGTTACAACCAAGATTGCATCTTGAAATCTCATTTCAATTTGTTCAATTCTGTCAGACTCGATTAATTTCTTCTCGCATTTTCTTTACCACGTATGGACATCTCATTGCCACTGGATCAAATCCAGAGCAGCTTCAAATTCGCATGTTCACTGATAAACCCCACTATTTTCAAACAAAAATTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987787
ATGGACATCTCATTGCCACTGGATCAAATCCAGAGCAGCTTCAAATTCGCATGTTCACTGATAAACCCCACTATTTTCAAACAAAAATTCCGACTTTCTGACGATTTTTCACTCGGCAGGAGAAGATGCAGAGCCCCTATTGCCAAGTTTAGATGTGCTCTTTTAGACCAGGGATTAAGGCCTCGACCGATGCCAAAACCTCGTGAAAAGGAGGAAAATAATTTGAAGGAAAATGGATATTTGGAGGAAAGGAAATTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767445.1
MDISLPLDQIQSSFKFACSLINPTIFKQKFRLSDDFSLGRRRCRAPIAKFRCALLDQGLRPRPMPKPREKEENNLKENGYLEERKLKKPNLGVGICSQIEKLVLCKRYNEALELFEILEINDDIDVSFDTYDAAVGACIALRSIRGVKRVFNHMLNSEVELDLYMMNRVLLMHVKCGMMIDARHLFEDMSERNSVSWNTIIGGLVDSGDFFDAFRLFLMMWEDSSNVCSRTFTTMVRAAAGLELISPGQQLHSCALKMGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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