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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000275

染色体: Chr06 坐标: 1906521-1908462 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000275
名称SmilChr06G000275
描述cytochrome P450 94B3-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1906521 - 1908462 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987799
GeneID130987799
locus_tag-
NCBI NameLOC130987799
原始查询SmilChr06G000275

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 94B3-like
产物cytochrome P450 94B3-like
ArabidopsisAT3G48520 (CYP94B3)
cytochrome P450, family 94, subfamily B, polypeptide 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824011]
identity=61.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0483000
-
identity=56.7; qcov=0.98; evalue=2.76e-178; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987799

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057767465.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057767465.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767465.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767465.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767465.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1906649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr6:1906885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B47,C12,C16,C50,C57
Chr6:1906997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C87,D4
Chr6:1907044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B105,D3
Chr6:1907055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C30
Chr6:1907057 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B21,B22,B92
Chr6:1907088 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 98 A1,A13,A15,A20,A24,A25,A3,A4,A5,A8,A9,B1,B10,B102,B105,B106,B107,B11,B112,B113,B115,B117,B119,B121,B123,B124,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B15,B17,B2,B22,B24,B28,B3,B31,B32,B39,B46,B47,B48,B49,B5,B52,B54,B57,B59,B6,B60,B72,B73,B75,B80,B81,B83,B88,B89,B93,B95,C1,C12,C14,C15,C23,C25,C27,C33,C37,C4,C42,C46,C49,C5,C52,C58,C59,C63,C64,C67,C69,C7,C71,C72,C73,C75,C79,C8,C83,C9,D2,D3,D5,D7,D9
Chr6:1907242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B14
Chr6:1907244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr6:1907274 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 225 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A23,A24,A25,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B104,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B21,B22,B23,B25,B27,B28,B29,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B43,B45,B46,B50,B51,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B90,B91,B92,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C11,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D8,D9
Chr6:1907291 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr6:1907299 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767465.1
504 aa
N
1
252
504
p450
C
PF00067 p450 43-475 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767465.1 Pfam PF00067 p450 Domain 43 475 1e-60 206.6 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911482.1
CACACACACCCCACGCTGTCCATACACATAAATACAGCAATATAGCTTCTCCACTCCATTCACTTTCCTCTTCACTCAAACTCATTCACTCGAATCCCATCATGATTCTCTCTCTTCTCCTCATCCCAGCCCTAGGGTTTCTCATCTTCTGCCTCCTCCTCTCCTCCTCCTCCAACAAACTCTACGTCAACATCAAGAAATTGACACCCAAGCTCAGCCCCCCCAGCCTCGGCTGCCTCATCTCCTTCTACAAAAACCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987799
ATGATTCTCTCTCTTCTCCTCATCCCAGCCCTAGGGTTTCTCATCTTCTGCCTCCTCCTCTCCTCCTCCTCCAACAAACTCTACGTCAACATCAAGAAATTGACACCCAAGCTCAGCCCCCCCAGCCTCGGCTGCCTCATCTCCTTCTACAAAAACCGCCACCGCCTCCTCAGCTGGTACACCGAGCTCCTGTCGGAGTCGGAGAATCAGACGATCGTGGTCCACCGCCTCGGCGCGCCGCGCACCGTCGTCACCGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767465.1
MILSLLLIPALGFLIFCLLLSSSSNKLYVNIKKLTPKLSPPSLGCLISFYKNRHRLLSWYTELLSESENQTIVVHRLGAPRTVVTANPDNVEYMLKTNFANFPKGKPFTELLGDFLGLGIFNVDGEMWSVQRKLASHEFSTKSLREFVVQVLRDEVAARLIPILENAAEDNGVLDMQEMLRRFAFDTICKVSLGMDPSCLDMSRPAPPLSSAFDAASELSAMRGAAPVFAVWKLKRALNVGPEKDLKDAVRTVRGCVDEM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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