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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000276

染色体: Chr06 坐标: 1913769-1917145 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000276
名称SmilChr06G000276
描述SWI/SNF complex component SNF12 homolog
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1913769 - 1917145 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987797
GeneID130987797
locus_tag-
NCBI NameLOC130987797
原始查询SmilChr06G000276

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SWI/SNF complex component SNF12 homolog
产物SWI/SNF complex component SNF12 homolog
ArabidopsisAT5G14170 (CHC1)
SWIB/MDM2 domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831267]
identity=61; qcov=0.887; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0382100 (OsSWIB)
-
identity=62.5; qcov=0.648; evalue=9.08e-153; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0016514 (SWI/SNF complex)
KEGGsmil03082 (ATP-dependent chromatin remodeling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02201 (SWIB); PF29592 (SWIFT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987797

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767461.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057767462.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767461.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767461.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767461.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1914282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B117,B86
Chr6:1914568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B40,B78,D7
Chr6:1914572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,C46
Chr6:1914594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C56
Chr6:1914698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B104,B111,B129,D10
Chr6:1914766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B17,B58,B63
Chr6:1914788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr6:1914871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B104,C23,C79,D10
Chr6:1914913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B107
Chr6:1915008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A19,B107,C46
Chr6:1915051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr6:1915207 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B9,C43,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767461.1
541 aa
N
1
270
541
SWIFT
SWIB
C
PF29592 SWIFT 206-317 aa PF02201 SWIB 325-397 aa
XP_057767462.1
514 aa
N
1
257
514
SWIFT
SWIB
C
PF29592 SWIFT 179-290 aa PF02201 SWIB 298-370 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767461.1 Pfam PF29592 SWIFT Domain 206 317 8.7e-22 78.0 SWIFT domain
XP_057767461.1 Pfam PF02201 SWIB Domain 325 397 1.1e-23 83.4 SWIB/MDM2 domain
XP_057767462.1 Pfam PF29592 SWIFT Domain 179 290 7.9e-22 78.1 SWIFT domain
XP_057767462.1 Pfam PF02201 SWIB Domain 298 370 1e-23 83.6 SWIB/MDM2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911478.1
AACGCAGCGTCGTCGTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCACCATACTCCTCTTAAACTACTCTCCCCAAAAAATAATGGGTGGTCAATCTTCGCATCATCTGTTGATTTAATTTTTCAAATCTGTGATTATCGACGTACAATTTCCCTAACCTTCGAGCTTTCTTCTTGTTGCATAATTCTTACTGTTATTGCTAATCCCATTGTATGTACTGCAAAAACCCTCGAGTGTCCCAGCAATTCTCCTGATA...
XM_057911479.1
GTGGTCAATCTTCGCATCATCTGTTGATTTAATTTTTCAAATCTGTGATTATCGACGTACAATTTCCCTAACCTTCGAGCTTTCTTCTTGTTGCATAATTCTTACTGTTATTGCTAATCCCATTGTATGTACTGCAAAAACCCTCGAGTGTCCCAGCAATTCTCCTGATATATTCTCATAAAACCTGAATTCACCGATATCTGACACAAATCGAAGAGGAAATAGCACACTCGGCGACGGGAGCTGCGCACATGTTGTAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130987797
ATGAACCAGCATAATCCAAACAGCAATAACAATCCGATTCGAGGAAATATAAGTTTTGCAAATGCAGGGGGGACGCAGATGCAAATGCAAATGCAGATGCCGATACAAATATCCATGAACAATAACCAACAACAGGTATTTGTCCAAGCTCAGTCTGGGCAAGTTCAAGCTCCTTCACAAATCTTGGCCTCACCCCAGGGAAATGCTAACATCAGCATCTCATCCCCTCCCGTGTCCACACCGGGTTCTGGTGTGGCTGG...
LOC130987797
ATGAACCAGCATAATCCAAACAGCAATAACAATCCGATTCGAGGAAATATAAGTTTTGCAAATGCAGGGGGGACGCAGATGCAAATGCAAATGCAGATGCCGATACAAATATCCATGAACAATAACCAACAACAGGTACCCCATCAGTCTCATCTTCAGCATGCGGGAAGGCCCTATTTCACAGGACATTTCCAACTATCTGAAGCTCAACCTCAGGTATTTGTCCAAGCTCAGTCTGGGCAAGTTCAAGCTCCTTCACA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057767461.1
MNQHNPNSNNNPIRGNISFANAGGTQMQMQMQMPIQISMNNNQQQVPHQSHLQHAGRPYFTGHFQLSEAQPQVFVQAQSGQVQAPSQILASPQGNANISISSPPVSTPGSGVAGTAKRLHKPPSRPSGGASGQGTASPMKTMELAPAVRRGKRKLPDKVIPEKVAALFPECALYTQLLEFESRVDAALVRKKTDITESLKNPVRVQKFLRIYVFNTYANQTDTSTDKGNSEPPSWSLRLIGRILEDGKDPIVEGQMKKPK...
XP_057767462.1
MNQHNPNSNNNPIRGNISFANAGGTQMQMQMQMPIQISMNNNQQQVFVQAQSGQVQAPSQILASPQGNANISISSPPVSTPGSGVAGTAKRLHKPPSRPSGGASGQGTASPMKTMELAPAVRRGKRKLPDKVIPEKVAALFPECALYTQLLEFESRVDAALVRKKTDITESLKNPVRVQKFLRIYVFNTYANQTDTSTDKGNSEPPSWSLRLIGRILEDGKDPIVEGQMKKPKCSYPKLSSFFKKITIYLDQNLYPDNHV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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