Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000278`

染色体: Chr06 坐标: 1923526-1925853 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000278`
名称	SmilChr06G000278
描述	elongation factor 1-delta-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	1923526 - 1925853 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987815`
GeneID	`130987815`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987815`
原始查询	`SmilChr06G000278`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	elongation factor 1-delta-like
产物	elongation factor 1-delta-like
Arabidopsis	`AT2G18110` (AT2G18110) Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816323] identity=74.3; qcov=0.991; evalue=3.83e-109; confidence=high
Rice	`Os07g0614500` (eEF-1beta) - identity=73.7; qcov=1; evalue=1.72e-97; confidence=high
GO	GO:0003746 (translation elongation factor activity); GO:0005085 (guanyl-nucleotide exchange factor activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0005853 (eukaryotic translation elongation factor 1 complex); GO:0006414 (translational elongation)
KEGG	-
Pfam	PF00736 (EF1_GNE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987815

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057767480.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057767480.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767480.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767480.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767480.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:1924162`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B40,D7
`Chr6:1924240`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:1924246`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B71
`Chr6:1924270`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B27,C24,C71
`Chr6:1924500`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr6:1924530`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A9
`Chr6:1924813`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,B100
`Chr6:1924854`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B127,B51,C39,C7
`Chr6:1925195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr6:1925255`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C70
`Chr6:1925668`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B7,C51,D9
`Chr6:1925676`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767480.1

232 aa

116

232

EF1_GNE

PF00736 EF1_GNE 146-232 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767480.1`	Pfam	`PF00736`	EF1_GNE	Domain	146	232	1e-31	109.6	EF-1 guanine nucleotide exchange domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911497.1
TCATGAGCCACAATCATTTTTAAAGCCCTAGAACCCCAGCTGCAAACGCCTCCCCCATTGCCGAATCCACTCACGCCGCTCAATCCCAAATCTCATCTTCATCAAGAAATGGCCGTCAGTTTCTCCGACCTCAGTTCCGCCGCCGGCCTCAAGAAGCTCGATGAGTACCTTCTTACTCGCAGTTACATTACTGGGTACCAAGCTTCAAAAGATGATTTGACTGTTTATGCTGCTGTCGCCAAGCCTCCATCATCGGACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987815
ATGGCCGTCAGTTTCTCCGACCTCAGTTCCGCCGCCGGCCTCAAGAAGCTCGATGAGTACCTTCTTACTCGCAGTTACATTACTGGGTACCAAGCTTCAAAAGATGATTTGACTGTTTATGCTGCTGTCGCCAAGCCTCCATCATCGGACTACGTTAACGTGTCACGGTGGTTCAACCACATCGATGCACTGTTGAGGATTTCTGGTGTTTCTGGTGAGGGATGTGGCGTAACTGTTGAGGGATCAGCTCCTGTCAGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767480.1
MAVSFSDLSSAAGLKKLDEYLLTRSYITGYQASKDDLTVYAAVAKPPSSDYVNVSRWFNHIDALLRISGVSGEGCGVTVEGSAPVSDAIATPPATDTKAVAADDDDDDDDVDLFGEETEEEKKASEERAAAAKAAGKKKVVGKSSIVLDIKPWDDETDMKKLEEEVRKVQQEGLLWGASKLVPVGYGIKKLQIMITIVDDLVSVDNLIEDYLTAEPLNEYVQSVDIVAFNKI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器