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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000281

染色体: Chr06 坐标: 1930628-1933091 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000281
名称SmilChr06G000281
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39530-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1930628 - 1933091 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987790
GeneID130987790
locus_tag-
NCBI NameLOC130987790
原始查询SmilChr06G000281

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39530-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39530-like
ArabidopsisAT4G39530 (AT4G39530)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830107]
identity=31.1; qcov=0.947; evalue=4.59e-102; confidence=low
RiceOs06g0705300 (P0018H04.12-1)
-
identity=39.7; qcov=0.901; evalue=1.9e-144; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987790

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057767448.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767448.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767448.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767448.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767448.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1930916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,C46,C65
Chr6:1931079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr6:1931133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,C37,D6
Chr6:1931350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C5
Chr6:1931407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr6:1931479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B137,B93
Chr6:1931499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B139,B17,B29,B58,C87
Chr6:1931539 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 30 B108,B114,B118,B122,B131,B132,B135,B137,B14,B15,B19,B21,B40,B52,B53,B61,B69,B75,B78,B87,B93,C14,C28,C34,C38,C44,C56,C61,D7,D9
Chr6:1931540 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 30 B108,B114,B118,B122,B131,B132,B135,B137,B14,B15,B19,B21,B40,B52,B53,B61,B69,B75,B78,B87,B93,C14,C28,C34,C38,C44,C56,C61,D7,D9
Chr6:1931542 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 30 B108,B114,B118,B122,B131,B132,B135,B137,B14,B15,B19,B21,B40,B52,B53,B61,B69,B75,B78,B87,B93,C14,C28,C34,C38,C44,C56,C61,D7,D9
Chr6:1931673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C33
Chr6:1931705 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767448.1
659 aa
N
1
330
659
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 44-72 aa PF13041 PPR_2 71-118 aa PF01535 PPR 74-102 aa PF01535 PPR 109-133 aa PF13041 PPR_2 174-219 aa PF13812 PPR_3 174-220 aa PF01535 PPR 176-205 aa PF01535 PPR 349-370 aa PF01535 PPR 378-406 aa PF13812 PPR_3 475-521 aa PF13041 PPR_2 475-523 aa PF01535 PPR 478-508 aa PF01535 PPR 513-541 aa PF01535 PPR 550-571 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 44 72 1.3e-54 179.4 PPR repeat
XP_057767448.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 71 118 2.5e-57 191.5 PPR repeat family
XP_057767448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 74 102 1.3e-54 179.4 PPR repeat
XP_057767448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 109 133 1.3e-54 179.4 PPR repeat
XP_057767448.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 174 219 2.5e-57 191.5 PPR repeat family
XP_057767448.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 174 220 2.9e-14 53.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 176 205 1.3e-54 179.4 PPR repeat
XP_057767448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 349 370 1.3e-54 179.4 PPR repeat
XP_057767448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 378 406 1.3e-54 179.4 PPR repeat
XP_057767448.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 475 521 2.9e-14 53.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767448.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 475 523 2.5e-57 191.5 PPR repeat family
XP_057767448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 478 508 1.3e-54 179.4 PPR repeat
XP_057767448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 513 541 1.3e-54 179.4 PPR repeat
XP_057767448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 550 571 1.3e-54 179.4 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911465.1
TCACGGCATTTCTCAGTCCAGCCTTTCGATTTCTTCAATCCATAAAGAATTTGAGCTTAAACGTAACAGTATTTCAAAGATAGAAACGCATATATGCGTTTTTGCTGTTCAAAACCTGATAAAAAAAACAAAAACAAATAATGCGTTTGGTTTTGCTGTATTGTTGGAGCAAATTGCTCGCTGCATTTTGAGTTTTGCACCATTTTAATCTCTCCACAAAATTTTCATATGCATATTTCTACAGATACAGCTGCCACGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987790
ATGAAAAACCACAACTTTCTCTTATTCTGCGCAAGAGCAGCAGCGCTTTCATGGAAACATAAACCCGCATTTGTCCGCAGTTTTCATCACCCTCTACGTTGCCTCACTAATACCAACACCGACATCTACTCGTGTAACAGAATCATCAGTGACCTTCTCAAATCTGGGTCTCTCGATTCCGCCGCCAAGCTGTTCGATGAAATGACTGAACGAGATGTTATTACTTGGAACATTATGATTTCTGGGCATTATCGTCGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767448.1
MKNHNFLLFCARAAALSWKHKPAFVRSFHHPLRCLTNTNTDIYSCNRIISDLLKSGSLDSAAKLFDEMTERDVITWNIMISGHYRRGFLRESLSLYNQMVSQSFVENSSTFSTLLSICSSAGLFREGREVHCRAAVLGFSTNVYIGSALVDLYLRMGCAGIALRLFATLPERSLATWNVALRGLCETGRSKELLRMHNEMKVEGLEPNGVTFCYLIRGCGYARCLEEGMQLHCCVIKGGLVDSNLFVANALVDFYSACGC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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