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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000286

染色体: Chr06 坐标: 1961805-1964259 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000286
名称SmilChr06G000286
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01400, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1961805 - 1964259 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987804
GeneID130987804
locus_tag-
NCBI NameLOC130987804
原始查询SmilChr06G000286

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01400, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01400%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT4G01400 (AT4G01400)
oligomeric golgi complex subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719435]
identity=57.6; qcov=0.887; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0532800
-
identity=37.6; qcov=0.812; evalue=1.57e-78; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987804

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057767469.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057767469.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767469.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767469.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767469.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1962717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B56,B96
Chr6:1962718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr6:1962784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,B56,B69,B96
Chr6:1962948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B139,B54,B71,C5
Chr6:1963007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B40,B78,D7
Chr6:1963314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr6:1963333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B54,B71,C65
Chr6:1963334 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C51,C70
Chr6:1963456 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C22,C82
Chr6:1963711 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B135,B17,B21,C5
Chr6:1963738 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B135
Chr6:1963738 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B135

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767469.1
462 aa
N
1
231
462
TPR_24
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR
PPR
C
PF23276 TPR_24 98-187 aa PF17177 PPR_long 140-289 aa PF13812 PPR_3 180-237 aa PF12854 PPR_1 188-219 aa PF13041 PPR_2 191-240 aa PF23276 TPR_24 194-257 aa PF01535 PPR 195-224 aa PF12854 PPR_1 223-254 aa PF13041 PPR_2 226-275 aa PF01535 PPR 230-259 aa PF13812 PPR_3 250-308 aa PF12854 PPR_1 257-290 aa PF13041 PPR_2 261-298 aa PF01535 PPR 265-294 aa PF12854 PPR_1 292-325 aa PF13812 PPR_3 296-341 aa PF13041 PPR_2 296-345 aa PF23276 TPR_24 298-390 aa PF01535 PPR 299-329 aa PF01535 PPR 335-362 aa PF01535 PPR 374-398 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767469.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 98 187 6.7e-26 91.5 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057767469.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 140 289 2.8e-17 63.5 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057767469.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 180 237 5.3e-27 94.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767469.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 188 219 2.7e-49 165.3 PPR repeat
XP_057767469.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 191 240 5e-59 196.9 PPR repeat family
XP_057767469.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 194 257 6.7e-26 91.5 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057767469.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 195 224 7.6e-40 133.1 PPR repeat
XP_057767469.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 223 254 2.7e-49 165.3 PPR repeat
XP_057767469.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 226 275 5e-59 196.9 PPR repeat family
XP_057767469.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 230 259 7.6e-40 133.1 PPR repeat
XP_057767469.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 250 308 5.3e-27 94.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767469.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 257 290 2.7e-49 165.3 PPR repeat
XP_057767469.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 261 298 5e-59 196.9 PPR repeat family
XP_057767469.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 265 294 7.6e-40 133.1 PPR repeat
XP_057767469.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 292 325 2.7e-49 165.3 PPR repeat
XP_057767469.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 296 341 5.3e-27 94.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767469.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 296 345 5e-59 196.9 PPR repeat family
XP_057767469.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 298 390 6.7e-26 91.5 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057767469.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 299 329 7.6e-40 133.1 PPR repeat
XP_057767469.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 335 362 7.6e-40 133.1 PPR repeat
XP_057767469.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 374 398 7.6e-40 133.1 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911486.1
AAGATTAATTTGAAAAAACCTTTCATCTGTAACTTCTTCCACATGCGCCGCTCAGCGTGAAGCCACGGTCGGCGATGCTCTCCCTCGTCTTCTCTCTCTGCCTCACCCTCTACAGCGGCATATCCGCCGTCCAAAAGCCCTATATCCCCAAACCACCAGCTCCGCCCTCACATCTAGGCACTGACGCCGCTCCACTTGGCGTCGCCTCCCTCCTCGACGACAATAAATACGCCGCCGCCTTTCGCTGTACAGCCGCCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987804
ATGCCGAATGCCATTTCCCTCAATTACATCAAGCAGTTGCAAAGAAACACACGTAGCATCTCCTCATTCTTCAATGTTGCTGATATTCCAAGAGTTTCTTGTTCATACTGCTCAGCACCCGTTAATCGTGATCAAGAAGATGAACCTTCTATTTGCTCTCCAGCTCGAATCCAAAAGTTGATAGCTTCTCAAACAGATCCACTCCTGGCAAAGGAAATCTTTGACTTGGCTTCGCGTCAGCCCAACTTCCGGCATTCTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767469.1
MPNAISLNYIKQLQRNTRSISSFFNVADIPRVSCSYCSAPVNRDQEDEPSICSPARIQKLIASQTDPLLAKEIFDLASRQPNFRHSYATYHTLILKLGRSRHFSLMNAIISSLKSLDYSISPSLFTHIIQIYGDANLPEKALKTFYTILEFNIKPRPKHLNCILEILVANSDFLRPAFDLLRAAHRYGVSPNTNSYNIMMRAFCLNGDLSIAYTLFNHMFKRNVLPDVESYRILMQALCRKSQVNKAVDLLEDMLNKGFV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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