Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000301`

染色体: Chr06 坐标: 2136248-2144242 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000301`
名称	SmilChr06G000301
描述	DEK domain-containing chromatin-associated protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	2136248 - 2144242 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987866`
GeneID	`130987866`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987866`
原始查询	`SmilChr06G000301`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DEK domain-containing chromatin-associated protein 1-like
产物	DEK domain-containing chromatin-associated protein 1-like
Arabidopsis	`AT3G48710` (AT3G48710) DEK domain-containing chromatin associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824032] identity=45.2; qcov=0.754; evalue=2.08e-92; confidence=high
Rice	`Os01g0924900` (BIP112) - identity=43.7; qcov=0.775; evalue=9.99e-90; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006325 (chromatin organization); GO:0042393 (histone binding); GO:2000779 (regulation of double-strand break repair)
KEGG	-
Pfam	PF08766 (DEK_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987866

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057767555.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057767555.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057767555.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767555.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057767555.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:2137988`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr6:2138529`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B78,C23,D7
`Chr6:2138605`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B102,B14,B47
`Chr6:2138608`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B102,B14,B47
`Chr6:2138614`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B131
`Chr6:2138616`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	A6,B17,B74,B81,C14,C82
`Chr6:2138618`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B102,B14,B47,C46,C68
`Chr6:2138637`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B10,D4
`Chr6:2138637`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B10,D4
`Chr6:2138642`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	A16,B41,B44,B73,C25
`Chr6:2138642`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A16,B41,B44,B73,C25
`Chr6:2138674`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B17,B74,B81,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767555.1

564 aa

282

564

DEK_C

PF08766 DEK_C 486-538 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767555.1`	Pfam	`PF08766`	DEK_C	Domain	486	538	1.2e-13	51.5	DEK C terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911572.1
TTATACCTGCCTTTTCACCCAAATTTTTTGCCCTAAATTCCCAAATTTCAACTTTTCGACTCATTTTGCACTTATAATTCCGAACATCTGCGCGGCAAACTCACTTCTCTTTACCCTGAATCAATCTGCTCCCAAAATATTGAAGTTCAGCGCCCATTTGGACTCAGATTTGCAGGCTTTTTGTGTTTTGTGAAATCTTGAGGACTTCCATGGCTACAGAAAAGGAAGATGTTGATGTCGATGGGAGCGAGAAACAAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987866
ATGGCTACAGAAAAGGAAGATGTTGATGTCGATGGGAGCGAGAAACAAGAGAAAGACGCGAAGCCTAATGAAGCTGAAGAGGAAGGCCTACAGGAAGAAGCTGGCAGAGGAGAGGAAGAGAAAGTGGAAAAAAAAGAGGAGGTTCTAGGAGAAGAAGGCCAAGATGAAAAGGCTGAGGTAAGTGAGGCGAAAGAAGAGGAAGTGAAAGCGGAAGAGAGCGAGGGAAGTGAAGAGGGAAAGATGGATGAGGAAGAAGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767555.1
MATEKEDVDVDGSEKQEKDAKPNEAEEEGLQEEAGRGEEEKVEKKEEVLGEEGQDEKAEVSEAKEEEVKAEESEGSEEGKMDEEEEEVEGKGEDEGDKGKKMEGEESEKNNENLKKRSRKDRKAEANKELESPRTPDSERQTRERKTVERFMVGESPKASASKTSSVEKGQGTQLKDIPNVAFTLSKRKADENLQLLHSVLFGKKSKVHTLKKNIGLFSGFVWVENEEKQSAKVKEKLEKCVKXKLLDLCDILNISVNKA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器