Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000302`

染色体: Chr06 坐标: 2176635-2183150 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000302`
名称	SmilChr06G000302
描述	DEK domain-containing chromatin-associated protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	2176635 - 2183150 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987846`
GeneID	`130987846`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987846`
原始查询	`SmilChr06G000302`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DEK domain-containing chromatin-associated protein 1-like
产物	DEK domain-containing chromatin-associated protein 1-like
Arabidopsis	`AT3G48710` (AT3G48710) DEK domain-containing chromatin associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824032] identity=42.7; qcov=0.838; evalue=5.59e-98; confidence=medium
Rice	`Os01g0924900` (BIP112) - identity=43.3; qcov=0.791; evalue=5.57e-98; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006325 (chromatin organization); GO:0042393 (histone binding); GO:2000779 (regulation of double-strand break repair)
KEGG	-
Pfam	PF08766 (DEK_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987846

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057767527.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057767527.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057767527.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767527.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057767527.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:2176967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,B94
`Chr6:2177283`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr6:2178405`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr6:2178579`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:2179111`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr6:2179120`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B23,B3,B37,B53,D11
`Chr6:2179312`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:2179465`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,B20
`Chr6:2181706`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B44
`Chr6:2181706`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B44
`Chr6:2181925`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	190	A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A24,A25,A3,A6,A7,B1,B10,B101,B102,B105,B107,B109,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B119,B12,B121,B122,B123,B124,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B22,B24,B25,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B36,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B49,B50,B51,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B63,B65,B66,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B76,B78,B79,B8,B81,B82,B83,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B95,B96,B97,B98,C10,C11,C12,C15,C16,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C40,C43,C45,C47,C48,C49,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C65,C67,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C75,C79,C8,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C9,D1,D10,D11,D5,D6,D8,D9
`Chr6:2182551`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B34,B68,D1,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767527.1

575 aa

288

575

DEK_C

PF08766 DEK_C 495-548 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767527.1`	Pfam	`PF08766`	DEK_C	Domain	495	548	1.5e-14	54.3	DEK C terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911544.1
GAGTGACACCGCACAAGGCGGCAGCTAAAAATTTTCACATAAAATTTCAAAAATTCGGCTCCAAATATACCCGCCTTCTCACCCAAATTTTTTGCCCTAAATTCCCAATTTTCAACTTTTCGACTCATTTTGCACTTAAAATTCCGAAAATCTGCGCGGCAAACTGTCACTTCTCTTTACTCTGGATCAATCTGCTTCCCAAAATTCTGAAGTTCAGTGCCCATATGCACTCAGATTTGCAGGCTTTTAGTGTTTTGTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987846
ATGGCTACAGAAAAGGAAGAAGTTGATGTTGATGGGAGCGAGAAGCAAGAGAAAGACGCGAAGCCTAATGAAGCTGAAGAGGAAGGCCTAAAGGAAGAAACTGGCAAAGGAGAGGAAGAGAAAGTGGAAGATCCAGGAGAAGAAGGCCAAGATGAAAAGGCTGAGGTAAGTGAGGTGAAAGAAGAGGAGGTGAAAGCGGAAGAGAGCGAGGGAAGTGAAGAGGGAAAGATGGATGAGGAAGAAGAAGAGGTGGAGGGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767527.1
MATEKEEVDVDGSEKQEKDAKPNEAEEEGLKEETGKGEEEKVEDPGEEGQDEKAEVSEVKEEEVKAEESEGSEEGKMDEEEEEVEGKDEGEGDKGKKMEGEESEKKNENSKKRSRKDRKAEAKELESPRTPGSERPTRERKTVERFMVGESPKASASKTLSIEKGQGTQLKDIPNVAFKLSKRKADENLQLLHSVLFGKKSKVHTLKKNIGLFSGFVWVENEEKQRAKVKEKLEKCVKEKLLDFCDILNISVNKASTKKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器