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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000319

染色体: Chr06 坐标: 2333583-2335724 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000319
名称SmilChr06G000319
描述bidirectional sugar transporter SWEET14-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向2333583 - 2335724 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987855
GeneID130987855
locus_tag-
NCBI NameLOC130987855
原始查询SmilChr06G000319

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bidirectional sugar transporter SWEET14-like
产物bidirectional sugar transporter SWEET14-like
ArabidopsisAT5G23660 (SWEET12)
bidirectional sugar transporter SWEET12-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832431]
identity=47.6; qcov=0.975; evalue=2.97e-82; confidence=high
RiceOs11g0508600 (11N3)
-
identity=53.8; qcov=0.843; evalue=3.18e-85; confidence=high
GOGO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF03083 (MtN3_slv)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987855

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057767542.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767542.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767542.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767542.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767542.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:2333811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr6:2333813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C51
Chr6:2333912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B85,D7
Chr6:2334238 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B49
Chr6:2334238 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B49
Chr6:2334652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B37,B69,B82,C63
Chr6:2334721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr6:2335027 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B46,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767542.1
280 aa
N
1
140
280
MtN3_slv
MtN3_slv
C
PF03083 MtN3_slv 8-93 aa PF03083 MtN3_slv 129-211 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767542.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 8 93 2.9e-53 178.6 Sugar efflux transporter for intercellular exchange
XP_057767542.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 129 211 2.9e-53 178.6 Sugar efflux transporter for intercellular exchange

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911559.1
ATCGTATCTTCATAAAATTTTGGAATTCAAGAACTAAGCTCCCTCTCCAATTAAGCCTTGGTTAATTCTAAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTGGTTACCATGCAACCTCCAGCTATATTCGTCTTTGGGATCTTAGGCAACATAGTTTCATTTTTGGTGTATCTTGCTCCAGTGCCGACATTCCATAGAATCGTGAAGAAGAAATCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987855
ATGCAACCTCCAGCTATATTCGTCTTTGGGATCTTAGGCAACATAGTTTCATTTTTGGTGTATCTTGCTCCAGTGCCGACATTCCATAGAATCGTGAAGAAGAAATCAACGGAAGGGTTTAAATGCGCGCCATACGTGGTTGCATTACTTAGCAGTATGCTATGGATTTTTTATGCCAGTCTCAAATCAAATGAGACTCTTCTCATCACCATCAATTCCGTTGGCTGTTTCGTCGAGACTCTATACATCTCCATTTACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767542.1
MQPPAIFVFGILGNIVSFLVYLAPVPTFHRIVKKKSTEGFKCAPYVVALLSSMLWIFYASLKSNETLLITINSVGCFVETLYISIYIIYASKELRLTALRLTMLLDVIGFGSILFLTLFFLKGPQRVVVLGWVCVTLSAVVYIAPLTIMKQVIRTKSVEFMPISLSFALLLNAVMWFFYGLLLRDIYIAIPNTVGFVFGLLQIILYYFYKSSSIDYAEKQKLPTAIKPETTSNPDQIHPVCPLPQNDQDLEITVTVLIEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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