Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000334`

染色体: Chr06 坐标: 2492334-2509332 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000334`
名称	SmilChr06G000334
描述	50S ribosomal protein L19, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	2492334 - 2509332 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987881`
GeneID	`130987881`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987881`
原始查询	`SmilChr06G000334`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	50S ribosomal protein L19, chloroplastic-like
产物	50S ribosomal protein L19%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT4G11630` (AT4G11630) Ribosomal protein L19 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826768] identity=69.7; qcov=0.905; evalue=1.15e-73; confidence=high
Rice	`Os02g0205000` - identity=61.7; qcov=0.994; evalue=4.56e-67; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01245 (Ribosomal_L19)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987881

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057767565.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.20000	`XP_057767565.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767565.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767565.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767565.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:2492546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr6:2492555`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr6:2492564`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,C39
`Chr6:2492567`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C13,C74,C83,D6
`Chr6:2507864`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B65
`Chr6:2507864`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B65
`Chr6:2507881`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C13,C37,C74,C83,D6
`Chr6:2507908`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	A3,B107,B27,B98,C81
`Chr6:2507908`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	5	A3,B107,B27,B98,C81
`Chr6:2507919`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B53
`Chr6:2507919`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B53
`Chr6:2507940`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B64,C17,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767565.1

243 aa

122

243

Ribosomal_L19

PF01245 Ribosomal_L19 142-237 aa

XP_057767566.1

168 aa

168

Ribosomal_L19

PF01245 Ribosomal_L19 67-162 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767565.1`	Pfam	`PF01245`	Ribosomal_L19	Family	142	237	1e-28	100.2	Ribosomal protein L19
`XP_057767566.1`	Pfam	`PF01245`	Ribosomal_L19	Family	67	162	4.9e-29	101.2	Ribosomal protein L19

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911582.1
TTAACTCCAGGTTTTTGATTGGAGCATTCGAAATGCAATCGTTGTATGGTAAATTTCGGCTGGTCGCGAAACAAACCATCAACTCGCTGAAAAATATTGAGCTGAGCAAAGTCGCGTCTGTTGAATCGAGATATTCGGGATGCTCGATGAATCGGTGTTTGGGTTTCAATTCTGAGCGGTCATCATTTCTTTTGAATAAACAATTTGGCGCTAAAGTTGTCAAACCAGCATCCTCTGAAAGTTGTAGTATAGCTTCAATG...

XM_057911583.1
TTCGGCTGGTCGCGAAACAAACCATCAACTCGCTGAAAAATATTGAGCTGAGCAAAGTCGCGTCTGTTGAATCGAGATATTCGGGATGCTCGATGAATCGGTGTTTGGGTTTCAATTCTGAGCGGTCATCATTTCTTTTGCTTCAATGTTGCCATCTTACAGAGTCCTAAGCTCTGGAAGTCAGTCAGCTTCTTCAGCATTCAAGTTTCCAACTAGGAATTTTTCAACTTCGGGATCTACTCCTGAGAATGTTTCTGCTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130987881
ATGCAATCGTTGTATGGTAAATTTCGGCTGGTCGCGAAACAAACCATCAACTCGCTGAAAAATATTGAGCTGAGCAAAGTCGCGTCTGTTGAATCGAGATATTCGGGATGCTCGATGAATCGGTGTTTGGGTTTCAATTCTGAGCGGTCATCATTTCTTTTGAATAAACAATTTGGCGCTAAAGTTGTCAAACCAGCATCCTCTGAAAGTTGTAGTATAGCTTCAATGTTGCCATCTTACAGAGTCCTAAGCTCTGGAAG...

LOC130987881
ATGTTGCCATCTTACAGAGTCCTAAGCTCTGGAAGTCAGTCAGCTTCTTCAGCATTCAAGTTTCCAACTAGGAATTTTTCAACTTCGGGATCTACTCCTGAGAATGTTTCTGCTGCTTTTGAACTGCCTCCACGCATTAAGTTTAAGAGGCTCGATAAAACTGCAAGACATATAATGCAGATAATTGATAAAGAAGTAGTTGAGGAAGTTAAATCAAGCAGAGAGATACCAGAGATCAAGCCTGGTTACATCATCCAGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057767565.1
MQSLYGKFRLVAKQTINSLKNIELSKVASVESRYSGCSMNRCLGFNSERSSFLLNKQFGAKVVKPASSESCSIASMLPSYRVLSSGSQSASSAFKFPTRNFSTSGSTPENVSAAFELPPRIKFKRLDKTARHIMQIIDKEVVEEVKSSREIPEIKPGYIIQLKVVVPENKRRVSIIKGIVIAMYNAGLNTTFRIRRLVGGVGIENLFPLYSPNIKEITVLDKKRVRRAKLYYLRDRMNPLRKN

XP_057767566.1
MLPSYRVLSSGSQSASSAFKFPTRNFSTSGSTPENVSAAFELPPRIKFKRLDKTARHIMQIIDKEVVEEVKSSREIPEIKPGYIIQLKVVVPENKRRVSIIKGIVIAMYNAGLNTTFRIRRLVGGVGIENLFPLYSPNIKEITVLDKKRVRRAKLYYLRDRMNPLRKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器