当前解析结果
SmilChr06G000352| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000352 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000352 |
| 描述 | mitochondrial phosphate carrier protein 2, mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 2675180 - 2680060 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987901 |
|---|---|
| GeneID | 130987901 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987901 |
| 原始查询 | SmilChr06G000352 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mitochondrial phosphate carrier protein 2, mitochondrial-like |
| 产物 | mitochondrial phosphate carrier protein 2%2C mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT3G48850 (PHT3;2)phosphate transporter 3;2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824046] identity=71.2; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0448800 (OsPT17)- identity=72.4; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005315 (phosphate transmembrane transporter activity); GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:1990547 (mitochondrial phosphate ion transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00153 (Mito_carr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987901 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057767585.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 1.00000 | XP_057767585.1 |
| 3 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 1.00000 | XP_057767585.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767585.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767585.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:2675674 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A8,B103,C1 |
Chr6:2675783 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B135 |
Chr6:2675813 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,C64,C66 |
Chr6:2675879 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A19,C53 |
Chr6:2675919 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B32 |
Chr6:2675919 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr6:2676286 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B47,C17 |
Chr6:2676366 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B137 |
Chr6:2679578 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B37,B68,C61 |
Chr6:2679672 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,C64,C66 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767585.1PF00153
Mito_carr 54-139 aa
PF00153
Mito_carr 150-236 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767585.1 |
Pfam | PF00153 |
Mito_carr | Repeat | 54 | 139 | 3.1e-46 | 155.8 | Mitochondrial carrier protein |
XP_057767585.1 |
Pfam | PF00153 |
Mito_carr | Repeat | 150 | 236 | 3.1e-46 | 155.8 | Mitochondrial carrier protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。