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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000352

染色体: Chr06 坐标: 2675180-2680060 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000352
名称SmilChr06G000352
描述mitochondrial phosphate carrier protein 2, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向2675180 - 2680060 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987901
GeneID130987901
locus_tag-
NCBI NameLOC130987901
原始查询SmilChr06G000352

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial phosphate carrier protein 2, mitochondrial-like
产物mitochondrial phosphate carrier protein 2%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT3G48850 (PHT3;2)
phosphate transporter 3;2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824046]
identity=71.2; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0448800 (OsPT17)
-
identity=72.4; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005315 (phosphate transmembrane transporter activity); GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:1990547 (mitochondrial phosphate ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00153 (Mito_carr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987901

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057767585.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057767585.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057767585.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767585.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767585.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:2675674 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B103,C1
Chr6:2675783 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr6:2675813 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C64,C66
Chr6:2675879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,C53
Chr6:2675919 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B32
Chr6:2675919 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B32
Chr6:2676286 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C17
Chr6:2676366 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr6:2679578 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B68,C61
Chr6:2679672 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767585.1
345 aa
N
1
172
345
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 54-139 aa PF00153 Mito_carr 150-236 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767585.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 54 139 3.1e-46 155.8 Mitochondrial carrier protein
XP_057767585.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 150 236 3.1e-46 155.8 Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911602.1
GTTGGATTTGAAACCGCACACACACAGCCGACATGATAATTGACATATGATTGTGAAAGAGATGCTTCCATGGTGATTGGAGTTTCGTGACAATCAGGAAAGCAAAATGGAAATGGAAATGGATGGTAGTCGTCAGCTTGGACTCAACAGCCGCCAATGAAATTTCTACCCACTTTCATCATCATATTTCTTCATTTCTCATTCTATTTATACAAACTCCAAAACGCCGCGCCAAATTCTGTATTTCGCCTCTTTCAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987901
ATGGAGTTTTCGGAGAAGCCATCGCGAAGATCGTTGATCCCGAGCTTCCTCTACGCTTCGCCGCTGACGTCGAAGAAAGCGGCGAATTTCGAGCAGAGGAACCCGTTAATGATTCCGGCGCCGGCGGAGGGCGGAATAGAGATGTTCTCGCCGGCGTATTATGCAGCTTGCACGGCCGGCGGAATGTTGTGCTGCGGCCTCACTCACACCGCCGTCACTCCTATAGATGTTGTCAAGTGCAACATGCAGATTGATCCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767585.1
MEFSEKPSRRSLIPSFLYASPLTSKKAANFEQRNPLMIPAPAEGGIEMFSPAYYAACTAGGMLCCGLTHTAVTPIDVVKCNMQIDPAKYKNISSAFGIVMKEQGVKGFYRGWVPTLLGYSAQGAFKYGLYEFFKKYYSDVAGAEHAAKYKTLIYLAGSASAEFIADIALCPLEAVKVRVQTQPGFARGLADGLPKIVRAEGISGLYRGIVPLWGRQIPYTMMKFATFENTVEAIYKYAIPAPKEQCSNALQLGVSFSGGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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