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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000369

染色体: Chr06 坐标: 2849564-2851024 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000369
名称SmilChr06G000369
描述uncharacterized SmilChr06G000369
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向2849564 - 2851024 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987916
GeneID130987916
locus_tag-
NCBI NameLOC130987916
原始查询SmilChr06G000369

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835162]; symbol=AT5G50900; hit=AT5G50900; species=arabidopsis; confidence=high
产物ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835162]; symbol=AT5G50900; hit=AT5G50900; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G50900 (AT5G50900)
ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835162]
identity=62.3; qcov=0.788; evalue=6.9e-85; confidence=high
RiceOs03g0116900
-
identity=34; qcov=0.755; evalue=2.36e-28; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987916

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057767603.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057767603.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057767603.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767603.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767603.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:2850222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B48,B66,B95,B97,C76
Chr6:2850223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B43,B77,B97,C5
Chr6:2850235 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 23 A20,A4,B113,B123,B130,B24,B33,B36,B5,B50,B52,B59,B6,B69,C21,C23,C3,C39,C45,C58,C63,C72,D11
Chr6:2850245 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,B93
Chr6:2850273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B26,C15
Chr6:2850274 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B5,B64,B93,C51
Chr6:2850284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B43,B63,C62
Chr6:2850306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,B97
Chr6:2850344 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B100,B41,C10
Chr6:2850367 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B66
Chr6:2850391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:2850417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B14,B41,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911620.1
AAACTATCCACTTTCATATTGTAAAGATAAAAATTGTCCACTAAGATAAAAATAATAAAAACTGTTCACTTTTTGATTGAAAAGACGGAAATAACCCTCACTTTAAAATAATAAAAAATATCCACTCACTTCTATCCCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTTCACCTTTACGTCACTCTCTCTCTATCTCACTACCGCCACCACCTCTCCCTCGTAGCATCCTCCGCCGCCGCCGCCTCCACCATCTCTCTCGGCGTCGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987916
ATGGGGTCGGACGGAAGATCTACCGAGTCCAAGAGCTCCGCTCTCGAATCGCTCCTCGGGCTTTTTCAGGAAGACGGTAAGAACTTGCTGATTGCGGTGGCTCAGGGGATAGTTCCGGTGCTCGTGCACCTTTTCGACTGCACCAGTTCCTCCGAATTGAAGGAGAAATCCGTGAGCGCGATCGCCAAAATCTCGACCGAGGATTCGAGCAAGCACGTTTTGCTGGCCGAGGGTTTGGTATTGTTGAACAATTTGATGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767603.1
MGSDGRSTESKSSALESLLGLFQEDGKNLLIAVAQGIVPVLVHLFDCTSSSELKEKSVSAIAKISTEDSSKHVLLAEGLVLLNNLMRVLESGSVFAKEKSCIALRVLSNSKENARAIGSRGGISSLLDICREGTPNSQALAAGVLRNLAVFEDVRENFIEENTVLILLALCNSGTALAQENAIGCLCNLVAEDNDLKLLVAREGGIQTLKDIWSRIPDIFDILLQIWRVGGCCLPPSSSARPAWTPPTSASSPAAWSGSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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