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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000387`

染色体: Chr06 坐标: 3063293-3076479 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000387`
名称	SmilChr06G000387
描述	regulator of nonsense transcripts UPF2-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	3063293 - 3076479 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987933`
GeneID	`130987933`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987933`
原始查询	`SmilChr06G000387`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	regulator of nonsense transcripts UPF2-like
产物	regulator of nonsense transcripts UPF2-like
Arabidopsis	`AT2G39260` (AT2G39260) regulator of nonsense transcripts UPF2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818511] identity=68.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0631500` - identity=53.9; qcov=0.282; evalue=1.77e-82; confidence=weak
GO	GO:0000184 (nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005844 (GO:0005844); GO:0035145 (exon-exon junction complex)
KEGG	smil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02854 (MIF4G); PF04050 (Upf2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987933

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057767624.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057767624.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057767624.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057767624.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767624.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:3067688`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr6:3067880`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B79,C78
`Chr6:3068489`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr6:3068535`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:3069835`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr6:3069916`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr6:3069952`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr6:3070180`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B82,C41
`Chr6:3071063`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr6:3071237`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B91,C22,C36,C56,C71
`Chr6:3071685`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,B132,C23,C78
`Chr6:3071783`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767624.1

1191 aa

596

1191

MIF4G

Upf2

PF02854 MIF4G 66-227 aa PF02854 MIF4G 480-665 aa PF02854 MIF4G 681-875 aa PF04050 Upf2 996-1131 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767624.1`	Pfam	`PF02854`	MIF4G	Repeat	66	227	1.1e-96	323.2	MIF4G domain
`XP_057767624.1`	Pfam	`PF02854`	MIF4G	Repeat	480	665	1.1e-96	323.2	MIF4G domain
`XP_057767624.1`	Pfam	`PF02854`	MIF4G	Repeat	681	875	1.1e-96	323.2	MIF4G domain
`XP_057767624.1`	Pfam	`PF04050`	Upf2	Repeat	996	1131	4e-34	118.9	Up-frameshift suppressor 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911641.1
AGCATAAACTCCAATCGCTCACAATCTTCCAACCCCAACCCCACCCCACCCCGACGTCGATCTCTTCCACACCCGCCGCAGCTTCTCTCTCTAACAAATGGAACACGCTGAAGATATTGCCGGAGAACAACCAGAGAAACATGATGACGAGCGAAGACACGATGACGAGGAAGCCGTTGCCCGGCTTGAGGAATTTAAGAAGTCAGTTGAAGCGAAAATGGCTTTGCGTCAAAGTAATTTGAATCCTGAGAGGCCTGACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987933
ATGGAACACGCTGAAGATATTGCCGGAGAACAACCAGAGAAACATGATGACGAGCGAAGACACGATGACGAGGAAGCCGTTGCCCGGCTTGAGGAATTTAAGAAGTCAGTTGAAGCGAAAATGGCTTTGCGTCAAAGTAATTTGAATCCTGAGAGGCCTGACACTGGCTTTCTCAGGACACTAGACTCTAGTATCAAGCGCAATACAGCAGTGATTAAAAAATTAAAGCAAATCAATGATGAGCAGCGAGAAGGTCTAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767624.1
MEHAEDIAGEQPEKHDDERRHDDEEAVARLEEFKKSVEAKMALRQSNLNPERPDTGFLRTLDSSIKRNTAVIKKLKQINDEQREGLMDELRGVNLSKFVSEAVAAICDAKLKSADIQSAVQICSLLHQRYKEFAPSLVQGLLKVFVPGKSVEDPDADKNSRAMKKRSTLKLLLELYFVGVVEDTGIFVNIIKDLTSPEHLKDRDATQTNLSLLASFARQGRFLLGFPLTEQDILEELLKGLNITADQKKFFRKAFQTYYD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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