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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000393

染色体: Chr06 坐标: 3145796-3148424 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000393
名称SmilChr06G000393
描述uncharacterized SmilChr06G000393
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3145796 - 3148424 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987940
GeneID130987940
locus_tag-
NCBI NameLOC130987940
原始查询SmilChr06G000393

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987940

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057767636.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057767636.1
3 Cell projection 细胞突起 0.40000 XP_057767638.1
4 Dendrite Dendrite 0.20000 XP_057767636.1
5 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057767636.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3145978 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B31,B8,C3
Chr6:3145978 TC T 1bp_deletion CDS_variant 3 B31,B8,C3
Chr6:3145987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C39,C48
Chr6:3145989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C49
Chr6:3145996 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B73,B85,C18
Chr6:3145996 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B73,B85,C18
Chr6:3146002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr6:3146061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,C78
Chr6:3146065 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr6:3146080 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:3146182 CGA C 2bp_deletion frameshift_variant 12 A14,A15,A25,B39,B43,B52,B57,B60,B7,B77,B94,C44
Chr6:3147558 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911653.1
TTCCAAAGGGTCATATCATCACAACTTCTAAGGCTGGCGCGATCGAGACAGAGAGAGAGAGATCCACACCCTCACATCAGCTTTTCTCACTCATGAAAATCTCCTCCCTCATTCAATCCGGAATTAATCCTAATTCTACCAACACCAACACTGATGTACATAATCAATTAAAGCTCAATTTGACCTAATTAATCTCTCTCCACACATGCAACCTTCATGGACGCAGAATATCACAAGCTGAAGGCCATCCCCTCCTTCAA...
XM_057911654.1
CACAACTTCTAAGGCTGGCGCGATCGAGACAGAGAGAGAGAGATCCACACCCTCACATCAGCTTTTCTCACTCATGAAAATCTCCTCCCTCATTCAATCCGGAATTAATCCTAATTCTACCAACACCAACACTGATGTACATAATCAATTAAAGCTCAATTTGACCTAATTAATCTCTCTCCACACATGCAACCTTCATGGACGCAGAATATCACAAGCTGAAGGCCATCCCCTCCTTCAAATACTCGGACACCGACGAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130987940
ATGGACGCAGAATATCACAAGCTGAAGGCCATCCCCTCCTTCAAATACTCGGACACCGACGACATCCCGAGGTTCCAGAAGCTTCGCACCGTCTCCTCCTTCAAGCACGTGATCGATGCGGCGGGGACTTCGCCGGCGCTCAGCCGTCAGGGATCGGAGACCGACGAGACCCCCGCGAGGTTTCACAAGCTGCGCACCGTCCCCTCCTTCAAGCACGTGATCGATGCGGCGGGGACGCCGCCGCCGATCAGCCGGGAAGG...
LOC130987940
ATGGACGCAGAATATCACAAGCTGAAGGCCATCCCCTCCTTCAAATACTCGGACACCGACGACATCCCGAGGTTCCAGAAGCTTCGCACCGTCTCCTCCTTCAAGCACGTGATCGATGCGGCGGGGACTTCGCCGGCGCTCAGCCGTCAGGGATCGGAGACCGACGAGACCCCCGCGAGGTTTCACAAGCTGCGCACCGTCCCCTCCTTCAAGCACGTGATCGATGCGGCGGGGACGCCGCCGCCGATCAGCCGGGAAGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057767636.1
MDAEYHKLKAIPSFKYSDTDDIPRFQKLRTVSSFKHVIDAAGTSPALSRQGSETDETPARFHKLRTVPSFKHVIDAAGTPPPISREGSETDEIPPRFQKLRTVSSFKHVMEAAAISREGSETDEIPIRYQKLRAIPSFKHVMEAAAMSREGSETDGGELPRYTSLKDVMSSLSPSGNADIAIRNELVKHAASAYVLSATIINPGQRDGQNSRMKMCCLSCWHIHVGLPLQALCWPIVHFVYQIVRRVRNALRLMGRMLER...
XP_057767637.1
MDAEYHKLKAIPSFKYSDTDDIPRFQKLRTVSSFKHVIDAAGTSPALSRQGSETDETPARFHKLRTVPSFKHVIDAAGTPPPISREGSETDEIPPRFQKLRTVSSFKHVMEAAAISREGSETDEIPIRYQKLRAIPSFKHVMEAAAMSREGSETDGGELPRYTSLKDVMSSLSPSGNADIAIRNELVKHAASAYVLSATIINPGQRDGQNSRMKMCCLSCWHIHVGLPLQALCWPIVHFVYQIVRRVRNALSLSLSLSNR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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