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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000404

染色体: Chr06 坐标: 3281130-3281998 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000404
名称SmilChr06G000404
描述probable arabinosyltransferase ARAD1
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3281130 - 3281998 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987953
GeneID130987953
locus_tag-
NCBI NameLOC130987953
原始查询SmilChr06G000404

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable arabinosyltransferase ARAD1
产物probable arabinosyltransferase ARAD1
ArabidopsisAT2G35100 (ARAD1)
Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818076]
identity=81.5; qcov=0.853; evalue=4.49e-44; confidence=medium
RiceOs07g0567000
-
identity=86.4; qcov=0.853; evalue=4.89e-48; confidence=medium
GOGO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03016 (Exostosin_GT47)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987953

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057767651.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057767651.1
3 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 0.40000 XP_057767651.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767651.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767651.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3281375 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C9
Chr6:3281414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B35,B80,C17
Chr6:3281454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,D11
Chr6:3281460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B77,B99,C26,C75
Chr6:3281469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr6:3281519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr6:3281536 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:3281544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B49,B53,B58,B81,C84
Chr6:3281559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B77,B9,B99,C26
Chr6:3281894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767651.1
95 aa
N
1
48
95
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 2-81 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767651.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 2 81 9.6e-23 81.7 Exostosin GT47 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911668.1
GCATCTCTGGTCAAGGATGTGATTCTTCCGTATTCACATAGGATTAATACATTCAAAGGGGATGCTGGACTGGAGAACCGCAAGTCTCTGCTATTCTTTATGGGGAATCGCTATCGAAATGAGGGTGGTAAGATTCGAGATTTGCTTTTCCAACTGCTTGAGAATGAAGACGAAGTTATAATCAAACATGGAGCACAGTCTAGGGAGAGTCGGCGTGCAGCAACACAAGGAATGCATACAACAAAGTTTTGTTTGCATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987953
ATGGGGAATCGCTATCGAAATGAGGGTGGTAAGATTCGAGATTTGCTTTTCCAACTGCTTGAGAATGAAGACGAAGTTATAATCAAACATGGAGCACAGTCTAGGGAGAGTCGGCGTGCAGCAACACAAGGAATGCATACAACAAAGTTTTGTTTGCATCCAGCTGGTGATACTCCATCAGCTTGCCGACTATTTGATGCCATTGTGAGTTTATGTGTTCCTGTTATTGTCAGCGACTACATTAGTGGAGATAGCACGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767651.1
MGNRYRNEGGKIRDLLFQLLENEDEVIIKHGAQSRESRRAATQGMHTTKFCLHPAGDTPSACRLFDAIVSLCVPVIVSDYISGDSTSKGGDEAER

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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