当前解析结果
SmilChr06G000404| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000404 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000404 |
| 描述 | probable arabinosyltransferase ARAD1 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 3281130 - 3281998 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987953 |
|---|---|
| GeneID | 130987953 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987953 |
| 原始查询 | SmilChr06G000404 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable arabinosyltransferase ARAD1 |
| 产物 | probable arabinosyltransferase ARAD1 |
| Arabidopsis | AT2G35100 (ARAD1)Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818076] identity=81.5; qcov=0.853; evalue=4.49e-44; confidence=medium |
| Rice | Os07g0567000- identity=86.4; qcov=0.853; evalue=4.89e-48; confidence=medium |
| GO | GO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03016 (Exostosin_GT47) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987953 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057767651.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.40000 | XP_057767651.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum lumen | 内质网腔 | 0.40000 | XP_057767651.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767651.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767651.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:3281375 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,C9 |
Chr6:3281414 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,B35,B80,C17 |
Chr6:3281454 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,D11 |
Chr6:3281460 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B138,B77,B99,C26,C75 |
Chr6:3281469 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr6:3281519 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C49 |
Chr6:3281536 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr6:3281544 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B49,B53,B58,B81,C84 |
Chr6:3281559 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B138,B77,B9,B99,C26 |
Chr6:3281894 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767651.1PF03016
Exostosin_GT47 2-81 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767651.1 |
Pfam | PF03016 |
Exostosin_GT47 | Domain | 2 | 81 | 9.6e-23 | 81.7 | Exostosin GT47 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。