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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000410

染色体: Chr06 坐标: 3387806-3390540 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000410
名称SmilChr06G000410
描述acyl carrier protein 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3387806 - 3390540 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987960
GeneID130987960
locus_tag-
NCBI NameLOC130987960
原始查询SmilChr06G000410

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acyl carrier protein 1, chloroplastic-like
产物acyl carrier protein 1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT4G25050 (ACP4)
acyl carrier protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828608]
identity=52.5; qcov=1.02; evalue=5.67e-36; confidence=medium
RiceOs11g0521500
-
identity=61.7; qcov=0.691; evalue=5.48e-35; confidence=medium
GOGO:0000036 (acyl carrier activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process); GO:0031177 (phosphopantetheine binding)
KEGG-
PfamPF00550 (PP-binding); PF01535 (PPR)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987960

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057767664.1
2 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057767666.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057767666.1
4 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057767669.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767664.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3388153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr6:3388241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr6:3388297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B104,B84,C58
Chr6:3388329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B104,B55,B84,C58
Chr6:3388434 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C64,C66
Chr6:3388603 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B15
Chr6:3388603 GTC G 2bp_deletion CDS_variant 1 B15
Chr6:3388692 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,D10
Chr6:3388718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B102
Chr6:3388730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B135,B14,C57,D10,D2
Chr6:3388756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,D10
Chr6:3388782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767664.1
260 aa
N
1
130
260
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 136-154 aa PF01535 PPR 172-198 aa
XP_057767665.1
260 aa
N
1
130
260
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 136-154 aa PF01535 PPR 172-198 aa
XP_057767666.1
157 aa
N
1
78
157
PP-binding
C
PF00550 PP-binding 61-96 aa
XP_057767667.1
157 aa
N
1
78
157
PP-binding
C
PF00550 PP-binding 61-96 aa
XP_057767668.1
157 aa
N
1
78
157
PP-binding
C
PF00550 PP-binding 61-96 aa
XP_057767669.1
136 aa
N
1
68
136
PP-binding
C
PF00550 PP-binding 61-128 aa
XP_057767670.1
136 aa
N
1
68
136
PP-binding
C
PF00550 PP-binding 61-128 aa
XP_057767671.1
136 aa
N
1
68
136
PP-binding
C
PF00550 PP-binding 61-128 aa
XP_057767672.1
136 aa
N
1
68
136
PP-binding
C
PF00550 PP-binding 61-128 aa
XP_057767674.1
136 aa
N
1
68
136
PP-binding
C
PF00550 PP-binding 61-128 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767664.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 136 154 1.8e-10 41.1 PPR repeat
XP_057767664.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 172 198 1.8e-10 41.1 PPR repeat
XP_057767665.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 136 154 1.8e-10 41.1 PPR repeat
XP_057767665.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 172 198 1.8e-10 41.1 PPR repeat
XP_057767666.1 Pfam PF00550 PP-binding Domain 61 96 8e-06 26.7 Phosphopantetheine attachment site
XP_057767667.1 Pfam PF00550 PP-binding Domain 61 96 8e-06 26.7 Phosphopantetheine attachment site
XP_057767668.1 Pfam PF00550 PP-binding Domain 61 96 8e-06 26.7 Phosphopantetheine attachment site
XP_057767669.1 Pfam PF00550 PP-binding Domain 61 128 6.7e-13 49.4 Phosphopantetheine attachment site
XP_057767670.1 Pfam PF00550 PP-binding Domain 61 128 6.7e-13 49.4 Phosphopantetheine attachment site
XP_057767671.1 Pfam PF00550 PP-binding Domain 61 128 6.7e-13 49.4 Phosphopantetheine attachment site
XP_057767672.1 Pfam PF00550 PP-binding Domain 61 128 6.7e-13 49.4 Phosphopantetheine attachment site
XP_057767674.1 Pfam PF00550 PP-binding Domain 61 128 6.7e-13 49.4 Phosphopantetheine attachment site

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911684.1
TTTATTCGAAAGTTTTGCAACTGCATGTGTAACATTCCGCAAACTAATTCGACATATATAAGGCATTAGTGAGATTTAGATTTAACATACTAAAATGGAATTAGTAAATAGAGTTGTTAAATTACAGCTTACAAGCTTAAGGTATTTTTAGCAATTAACTTTAAATTCTCTCATTTTTCAAAAAAAGAAAAAAAAAATTAAATTCTTCAGCACTCTGCTTTCAGCCGCCGGCGCCATGAGATCTGCGGCGGAGAAGCTCC...
XM_057911687.1
TTTATTCGAAAGTTTTGCAACTGCATGTGTAACATTCCGCAAACTAATTCGACATATATAAGGCATTAGTGAGATTTAGATTTAACATACTAAAATGGAATTAGTAAATAGAGTTGTTAAATTACAGCTTACAAGCTTAAGGTATTTTTAGCAATTAACTTTAAATTCTCTCATTTTTCAAAAAAAGAAAAAAAAAATTAAATTCTTCAGCACTCTGCTTTCAGCCGCCGGCGCCATGAGATCTGCGGCGGAGAAGCTCC...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC130987960
ATGAGATCTGCGGCGGAGAAGCTCCGCTTCTTCCACCGGAGTTCATCGCTCAGTTTCTTATCTCCACGATCAGCATTCAGACAATTCAAGACCTCTACATCAACCACCACGACCACCGCGGCGGCCGCCGCCAACACCAGCCCCGCCCTAACCGAGGAAGAAGTGAACCAAATCAACGCCGTAATCGGCCGCCTCTGCGACTCAAACCACCTGAAAGAAGCTTCCGACCTCATCTCCGCCGCCCTTTCCACCGCCAGGCC...
LOC130987960
ATGAGATCTGCGGCGGAGAAGCTCCGCTTCTTCCACCGGAGTTCATCGCTCAGTTTCTTATCTCCACGATCAGCATTCAGACAATTCAAGACCTCTACATCAACCACCACGACCACCGCGGCGGCCGCCGCCAACACCAGCCCCGCCCTAACCGAGGAAGAAGTGAACCAAATCAACGCCGTAATCGGCCGCCTCTGCGACTCAAACCACCTGAAAGAAGCTTCCGACCTCATCTCCGCCGCCCTTTCCACCGCCAGGCC...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057767664.1
MRSAAEKLRFFHRSSSLSFLSPRSAFRQFKTSTSTTTTTAAAAANTSPALTEEEVNQINAVIGRLCDSNHLKEASDLISAALSTARPPLASLPLSSLISRLASEPDLTHPMHLLNTLKYNPNASDPSVLIPVAKMLLSSLFQNGRPKMAVKVFQWVARPDFPGGPAADLDLYGVLVNGFCRNGMMLESLRVLRVMAGENLVIGDEIRVCIHRGLLREARVREALELNAALGSYTPGSDGSTCVPEKVVHLLDQMIANWVE
XP_057767665.1
MRSAAEKLRFFHRSSSLSFLSPRSAFRQFKTSTSTTTTTAAAAANTSPALTEEEVNQINAVIGRLCDSNHLKEASDLISAALSTARPPLASLPLSSLISRLASEPDLTHPMHLLNTLKYNPNASDPSVLIPVAKMLLSSLFQNGRPKMAVKVFQWVARPDFPGGPAADLDLYGVLVNGFCRNGMMLESLRVLRVMAGENLVIGDEIRVCIHRGLLREARVREALELNAALGSYTPGSDGSTCVPEKVVHLLDQMIANWVE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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