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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000426

染色体: Chr06 坐标: 3503165-3504648 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000426
名称SmilChr06G000426
描述trihelix transcription factor ASR3-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3503165 - 3504648 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987977
GeneID130987977
locus_tag-
NCBI NameLOC130987977
原始查询SmilChr06G000426

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述trihelix transcription factor ASR3-like
产物trihelix transcription factor ASR3-like
ArabidopsisAT2G33550 (AT2G33550)
Homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817920]
identity=34.2; qcov=1.09; evalue=1.58e-20; confidence=low
RiceOs02g0516800
-
identity=76.9; qcov=0.145; evalue=3.38e-08; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987977

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767693.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057767693.1
3 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057767693.1
4 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057767693.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767693.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3503369 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B12,B80,C41
Chr6:3503524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B35,B82,C85,D7
Chr6:3503543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr6:3503566 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 152 A10,A11,A13,A14,A16,A2,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B10,B101,B102,B103,B106,B107,B108,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B119,B120,B123,B126,B127,B128,B130,B131,B132,B134,B136,B137,B138,B14,B15,B16,B20,B22,B23,B25,B27,B29,B3,B31,B32,B34,B36,B38,B39,B40,B42,B43,B46,B47,B48,B5,B51,B52,B53,B59,B6,B61,B62,B65,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B74,B76,B77,B78,B79,B81,B84,B87,B91,B92,B93,B97,B98,C1,C10,C11,C12,C14,C18,C19,C2,C24,C26,C27,C28,C3,C30,C32,C33,C34,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C47,C49,C5,C50,C55,C56,C6,C61,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C72,C73,C74,C75,C78,C8,C80,C82,C83,C84,C87,C9,D1,D2,D3,D4,D6,D7,D9
Chr6:3503746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,B76,C14
Chr6:3503767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C75
Chr6:3503838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C74
Chr6:3503859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr6:3503860 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr6:3503871 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 21 A22,A8,B111,B121,B132,B21,B27,B4,B68,B84,B92,C1,C11,C14,C22,C41,C49,C52,C58,D1,D9
Chr6:3503899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr6:3503905 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B68,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911710.1
GATATAAAATATACTATTAATCCAAAAATAAAACGAGGCGACCAATTAGGAAAGTGACAGAATCAATATAAATCGAGAAAGTGACGTTGAAGATAGTCAATCACTAGGACAAAAGATTAAAGAGAATGTGACATAATTGCAACAAAATATAGGACTTATCACATAAAGAAATGGCCCTTTTTAGGACACTCAGAAATTTCAAATGTGCAAGAAACTGAAAGAAGGCGATTTGGATAGCATCTGCATTCAATCCTGCAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987977
ATGATGAGAAGTGATTTTAGGAGGGAGAGGAAGCTCCCCGGTTTCTTCGACAGACAAGTGTACGACGTGTTGGACGGGAAGGATTTCGCAGGAGCTGCGTATCAGCTCGCGCTGGTCACAGTGAGTGCCTATGAGGACGATGGTGATGGCTTAGACGACGAGGATGAGATGGTGGACAGCGAGGAGGCCGAGGAGGCGAGCCCCGGAAAGGAAAAGCTTCAACAAGATGACACAATTCCTTCCCCAGTGCCTATTTCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767693.1
MMRSDFRRERKLPGFFDRQVYDVLDGKDFAGAAYQLALVTVSAYEDDGDGLDDEDEMVDSEEAEEASPGKEKLQQDDTIPSPVPISEMKHQPSNANQATGKKNFWRDEDGVKKRKRVNNEVDSILINALERNNELLRAQLEDQKSNFQLAREEHKEQHERLVAALTKITGALEKIADKL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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