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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000432

染色体: Chr06 坐标: 3551757-3553845 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000432
名称SmilChr06G000432
描述uncharacterized SmilChr06G000432
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3551757 - 3553845 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987984
GeneID130987984
locus_tag-
NCBI NameLOC130987984
原始查询SmilChr06G000432

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836308]; symbol=AT5G61865; hit=AT5G61865; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836308]; symbol=AT5G61865; hit=AT5G61865; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G61865 (AT5G61865)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836308]
identity=35.2; qcov=0.992; evalue=1.22e-63; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987984

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767700.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057767700.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057767700.1
4 Spindle Spindle 0.20000 XP_057767700.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767700.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3552137 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C79
Chr6:3552137 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C79
Chr6:3552161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B97,C38
Chr6:3552206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr6:3552256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr6:3552534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr6:3552558 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B86,C17,C63
Chr6:3552599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C61
Chr6:3552657 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,C75,C83
Chr6:3552715 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 32 A10,A18,A2,A24,B102,B105,B11,B112,B118,B125,B131,B132,B135,B138,B25,B28,B31,B36,B40,B47,B55,B88,B95,C33,C59,C64,C75,C83,D1,D3,D4,D8
Chr6:3552762 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 5 B105,B11,B118,B88,B95
Chr6:3552762 AGC A 2bp_deletion CDS_variant 5 B105,B11,B118,B88,B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911717.1
ATACCGTTAGATAATTTCATCAGTTCTCTTTCGAGATTCACTCACTCTTCGTTTCCCGCCAAATAGAATGCCGATGAATCGCCGCAGCTCCGCTAGCTCCACCGCCGCTCCGCCGCCGTCGCTCAAATCCGTGCAATCGAAGCTCATGCGCATCGTCTGCCGCCACGAGCGGCTCAAAATCTCGTTCGACGAGCTCCGATCTCAGGTTGGAGCTGGTTTGCTCGAGGTGGAAGACGTGTTCGTGTCGCTGGCTGTACAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987984
ATGCCGATGAATCGCCGCAGCTCCGCTAGCTCCACCGCCGCTCCGCCGCCGTCGCTCAAATCCGTGCAATCGAAGCTCATGCGCATCGTCTGCCGCCACGAGCGGCTCAAAATCTCGTTCGACGAGCTCCGATCTCAGGTTGGAGCTGGTTTGCTCGAGGTGGAAGACGTGTTCGTGTCGCTGGCTGTACAGCTGATGAAGCTGGTAGGACTGAAGACGGCTGAAATGGCTGAAGAGAGTAGATTCAGCACGATCGTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767700.1
MPMNRRSSASSTAAPPPSLKSVQSKLMRIVCRHERLKISFDELRSQVGAGLLEVEDVFVSLAVQLMKLVGLKTAEMAEESRFSTIVTSFDHSEPEDYMKKAMEAGNELMERQRLQLTQLIGLLQNIEAQVNSSQESIFQELANHQASIKRLFQQASSFVSSAHQSGRSNDVMQRVLKLLFAQVGAALGSVETGVEDMVSGLADKMCSPMVQYVHGLKVEMKTGTCSSLLDVVKEMSEAMHVRRLELEEARHQTKAAEASK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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