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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000455

染色体: Chr06 坐标: 3677323-3680128 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000455
名称SmilChr06G000455
描述uncharacterized SmilChr06G000455
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3677323 - 3680128 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988005
GeneID130988005
locus_tag-
NCBI NameLOC130988005
原始查询SmilChr06G000455

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0106700; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0106700; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G17290 (APG5)
autophagy protein Apg5 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831594]
identity=71.4; qcov=0.252; evalue=2.99e-07; confidence=weak
RiceOs02g0106700
-
identity=53.2; qcov=0.423; evalue=1.59e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988005

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767724.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057767724.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057767724.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767724.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767724.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3678486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,C28,C76,D5
Chr6:3678492 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C28
Chr6:3678492 G GAA 2bp_insertion CDS_variant 1 C28
Chr6:3678493 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C28
Chr6:3678493 TGC T 2bp_deletion CDS_variant 1 C28
Chr6:3678502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B130,C71,C86
Chr6:3679037 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B64,B90,B99
Chr6:3679037 A AT 1bp_insertion CDS_variant 3 B64,B90,B99
Chr6:3679042 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 7 A1,B105,B64,B90,B99,C21,C78
Chr6:3679069 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 5 A1,B105,B64,C21,C78
Chr6:3679069 A AT 1bp_insertion CDS_variant 5 A1,B105,B64,C21,C78
Chr6:3679078 AGT A 2bp_deletion frameshift_variant 4 A1,B64,C21,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

50 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089942.1
AATAAACTTTGCGCCAACTATTTTCACCATAATTATTGAATTTTCACATTAAAATATTTTAATTGAAAGATAACTTCTCCCACCCTACCCACCCCCACACGAAGAGATGGAGAAAGCTCACATCCAATCTCCTCTGCCACCGGCCCACTCTGCTCCATTACCTCTTCAATTTCTTACTTCTCACACACAGACTCTACTGCCACCATCTAGTCCTCTTCGATTCATCTGCTAACTTTGCTAACTTGTTATTTCTCTTCAGC...
XR_009089941.1
ATTTTCACATTAAAATATTTTAATTGAAAGATAACTTCTCCCACCCTACCCACCCCCACACGAAGAGATGGAGAAAGCTCACATCCAATCTCCTCTGCCACCGGCCCACTCTGCTCCATTACCTCTTCAATTTCTTACTTCTCACACACAGACTCTACTGCCACCATCTAGTCCTCTTCGATTCATCTGCTAACTTTGCTAACTTGTTATTTCTCTTCAGCCTCCACCCACATGTGGCGCGGCTATTTACGCTGCCTCGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130988005
ATGGTTAACTACCTGGATCCAGAAGGGAGGGCGGAGCTAACCGCAGAAGATTTGATGGCGGAATCGGGGGTTGTGGAGAGTGAGTTGATTCAGGTGAATGTGAATTTCATTGGGGATTGCCATGTGGTGGTGGAGGAGATAGAAAACTCTCCAGGAACAACTCTTTCTATGTATATTCCTAAAGGGATACTTTTTTATCTTCTTTGCTTGGAACCAGAGAGACCTTGGAACTTGACTAGAACAAGTGCTTTGGAGAAATC...
LOC130988005
ATGGTTAACTACCTGGATCCAGAAGGGAGGGCGGAGCTAACCGCAGAAGATTTGATGGCGGAATCGGGGGTTGTGGAGAGTGAGTTGATTCAGGTGAATGTGAATTTCATTGGGGATTGCCATGTGGTGGTGGAGGAGATAGAAAACTCTCCAGGAACAACTCTTTCTATGTATATTCCTAAAGGGATACTTTTTTATCTTCTTTGCTTGGAACCAGAGAGACCTTGGAACTTGACTAGAACAAGTGCTTTGGAGAAATC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057767724.1
MVNYLDPEGRAELTAEDLMAESGVVESELIQVNVNFIGDCHVVVEEIENSPGTTLSMYIPKGILFYLLCLEPERPWNLTRTSALEKSLRENVGWQKLIKRGMHALKKPQYE
XP_057767725.1
MVNYLDPEGRAELTAEDLMAESGVVESELIQVNVNFIGDCHVVVEEIENSPGTTLSMYIPKGILFYLLCLEPERPWNLTRTSALEKSLRENVGWQKLIKRGMHALKKPQYE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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