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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000463

染色体: Chr06 坐标: 3789794-3792165 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000463
名称SmilChr06G000463
描述uncharacterized SmilChr06G000463
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3789794 - 3792165 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988016
GeneID130988016
locus_tag-
NCBI NameLOC130988016
原始查询SmilChr06G000463

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0603400; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os04g0603400; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT5G43150 (AT5G43150)
elongation factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834332]
identity=46.4; qcov=0.602; evalue=6.46e-13; confidence=low
RiceOs04g0603400
-
identity=59.2; qcov=0.763; evalue=1.21e-23; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988016

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057767741.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057767741.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057767741.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767741.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767741.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3790024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr6:3791764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B19,B64,C13,C29
Chr6:3791794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B102,B47,D8
Chr6:3791803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:3791811 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 1 B101
Chr6:3791811 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 1 B101
Chr6:3791816 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B101
Chr6:3791816 CAG C 2bp_deletion CDS_variant 1 B101
Chr6:3791842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,B98
Chr6:3791915 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B112
Chr6:3791915 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B112
Chr6:3791918 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911758.1
GCGACTGCCATAACGGCTAAAGGCATCGCTTTAACTCAAACCCAACAAATTTTAGTTTTCTCTCTCTACTCTCTCTCTCTCTCACTCACACACTGTGTGTTTCCCTGCATGTTGATATACTCCTGTGGCTGCGTCTAGCTAGAAAAGGGAATAGTTCTGGCCGGGTTAAGGGTTTTCACTCGACTCGGCGGCGGAAACCGGCGGCGGAGGGTCAAGATTAAGGTCATGGAGTGGTGGCACAAAATCGTCTTCCCTGTTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988016
ATGGAGTGGTGGCACAAAATCGTCTTCCCTGTTAGACGCGCTTGGTTTGCCGTCTCCGCCCGCGTCAAAGCCCGAAAAGATGGTGCGGGGCTTCTGAAGCTTCACGATGACATCCAGACTTGCGGGTACGAGGATGTGCAGATCATGTGGGAGATGTTGAAGAAGACGGAGACGGAGGTGATGGCAAACCACAGCAAGCGAAAGCGGTGGTTCGTGAGGAACTTTTCGTGGAGCGGGCACGGCGGAGCCGCTCGGACGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767741.1
MEWWHKIVFPVRRAWFAVSARVKARKDGAGLLKLHDDIQTCGYEDVQIMWEMLKKTETEVMANHSKRKRWFVRNFSWSGHGGAARTLSINQSQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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