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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000471

染色体: Chr06 坐标: 3843906-3845716 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000471
名称SmilChr06G000471
描述uncharacterized SmilChr06G000471
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3843906 - 3845716 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988025
GeneID130988025
locus_tag-
NCBI NameLOC130988025
原始查询SmilChr06G000471

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0266200; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os08g0266200; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT1G79660 (AT1G79660)
ephrin-A3 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844305]
identity=50; qcov=1; evalue=1.28e-27; confidence=medium
RiceOs08g0266200
-
identity=53.9; qcov=1; evalue=3.49e-28; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988025

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057767751.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057767751.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057767751.1
4 Nucleus inner membrane Nucleus inner membrane 0.40000 XP_057767751.1
5 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057767751.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3845212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B69
Chr6:3845308 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr6:3845410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B96,C53,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911769.1
CCCTTTTCCCAACACATTTCTGGTTGTTTTGTTTCTCTCTCTCCACAGTTGGAAAGTGCGTAGCGCGTTCTCGCCGGCAACTCTCCTTATATCTAGCCGAGTCACAAGCGCCAAAGAAATGAATCACAAAATCACAGAAAAAAAAGTTGGTTGAATGATAGATACGCACAGAAACAAATTCAATCATTTGGGTTTGTAGAAAACCCGGGTCAGTAGCTTTCGGTTGGAGCTTCTTTTTTCTGCCCCTTTCCCCCTCTCGT...
XM_057911768.1
TTTTCCCAACACATTTCTGGTTGTTTTGTTTCTCTCTCTCCACAGTTGGAAAGTGCGTAGCGCGTTCTCGCCGGCAACTCTCCTTATATCTAGCCGAGTCACAAGCGCCAAAGAAATGAATCACAAAATCACAGAAAAAAAAGTTGGTTGAATGATAGATACGCACAGAAACAAATTCAATCATTTGGGTTTGTAGAAAACCCGGGTCAGTAGCTTTCGGTTGGAGCTTCTTTTTTCTGCCCCTTTCCCCCTCTCGTCAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988025
ATGGCTCTCGACAACATAATAACTTCACCTCATCGGAGGTCGCAGACACAGACTGCGTTCTCTCCACCTTCACCTAGAAAGCAACACTTGCGAGACACAGAATTGGGGAACTGCGCAACCCTTGTTCAGAGACATCGGTTTCTCCTGACTGCTCTTGCCCTCCTCGTAGTTCTGTGCATTATTTATCTTTACTTTGCTGTGACTCTTGGGGCTGCTGCCGATGCATGCTCCGACTTGGCGGGGGCTCAAAAGGCGTCGTG...
LOC130988025
ATGGCTCTCGACAACATAATAACTTCACCTCATCGGAGGTCGCAGACACAGACTGCGTTCTCTCCACCTTCACCTAGAAAGCAACACTTGCGAGACACAGAATTGGGGAACTGCGCAACCCTTGTTCAGAGACATCGGTTTCTCCTGACTGCTCTTGCCCTCCTCGTAGTTCTGTGCATTATTTATCTTTACTTTGCTGTGACTCTTGGGGCTGCTGCCGATGCATGCTCCGACTTGGCGGGGGCTCAAAAGGCGTCGTG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057767751.1
MALDNIITSPHRRSQTQTAFSPPSPRKQHLRDTELGNCATLVQRHRFLLTALALLVVLCIIYLYFAVTLGAAADACSDLAGAQKASCHLQLSKASAAKGKLKFL
XP_057767752.1
MALDNIITSPHRRSQTQTAFSPPSPRKQHLRDTELGNCATLVQRHRFLLTALALLVVLCIIYLYFAVTLGAAADACSDLAGAQKASCHLQLSKASAAKGKLKFL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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