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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000473

染色体: Chr06 坐标: 3851487-3853646 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000473
名称SmilChr06G000473
描述uncharacterized SmilChr06G000473
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3851487 - 3853646 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988026
GeneID130988026
locus_tag-
NCBI NameLOC130988026
原始查询SmilChr06G000473

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述nuclear protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838178]; symbol=AT1G16080; hit=AT1G16080; species=arabidopsis; confidence=high
产物nuclear protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838178]; symbol=AT1G16080; hit=AT1G16080; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G16080 (AT1G16080)
nuclear protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838178]
identity=85.9; qcov=0.936; evalue=2.48e-118; confidence=high
RiceOs08g0266300
-
identity=85.7; qcov=0.755; evalue=5.52e-87; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988026

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057767753.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767754.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057767753.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057767754.1
5 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057767754.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3851884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B119,B56,B96,C12,C53
Chr6:3852092 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B30,B75,B78,C19
Chr6:3852112 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr6:3852467 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr6:3852487 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B99
Chr6:3852487 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr6:3853101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C86
Chr6:3853288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:3853312 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911771.1
ATTGAGATTTGAACTAAAAATCTATTGTAATTTGTAAAGAAAGAGACTTTAATACTTCAATTTTATTTTACTTTCTAACAAAAATTCCCTTGATTTGTTTCTTAAATTAGAATTAAAAAAAAAAAAAAAACAAATATCGGGTCGGGCACTACCCGCACCTAACCGAAAAACGATCCGGATATGGTTCTGAGAAACGAGTGGCTCTCTTCTTGACCCGAACGATCACCCCCAGACCAAAAATTCCAATCCAGACATGGCTT...
XM_057911770.1
GATCCGGATATGGTTCTGAGAAACGAGTGGCTCTCTTCTTGACCCGAACGATCACCCCCAGACCAAAAATTCCAATCCAGACATGGCTTCTTCTCACTCTTCCAACATCATCCATGGCTACCACGCTCTCTCTCTTTAGCTCCTCATTTCTGCACCACTGCGCCAAATCCACTTCAAGAACCTGCTCCAGCTTCAAACTCAGAGCTTCTCTTTCGACGTCCCCGTCATCCATGGCGGCCACGGCGGAGAAGGTTGTCCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988026
ATGGCTACCACGCTCTCTCTCTTTAGCTCCTCATTTCTGCACCACTGCGCCAAATCCACTTCAAGAACCTGCTCCAGCTTCAAACTCAGAGCTTCTCTTTCGACGTCCCCGTCATCCATGGCGGCCACGGCGGAGAAGGTTGTCCCCGCCGTCATAGTGGGCGGCGGCCGCGTCGGGAGAGCCCTTCAAGACATGGGCGGCGGCGACGATGTTCTAGTTAAGAGAGGGGATCCCGTGCCGCTAAATTTCGCCGGCCCGAT...
LOC130988026
ATGCGGTGCTTGAATCCACTCCGAAATCTCGATGGAGCGAATGGAATGCTGGAGCCGTGGTTTGAAACTAAAGGCCTCGGAGATGCTGATCAAGTTCTGGCATATTTTGCTGTGTCAAAGCTTGGCGAACCTCCTGTGGACGGGATAACCGACACTAATCCAGAGGGACTAACTGCCGCGTATGGGAAGTGGGCTTCTGCTGTTGCTGGGAGATTGCGTGCTGGGGGCCTGTCTTGCAAGGTTCTTGAAAAAGAGGCATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057767753.1
MATTLSLFSSSFLHHCAKSTSRTCSSFKLRASLSTSPSSMAATAEKVVPAVIVGGGRVGRALQDMGGGDDVLVKRGDPVPLNFAGPILVCTRNDDLDAVLESTPKSRWSDLVFFQNGMLEPWFETKGLGDADQVLAYFAVSKLGEPPVDGITDTNPEGLTAAYGKWASAVAGRLRAGGLSCKVLEKEAFQKQMLEKLIWICAFMLVGARHPGATVGAVEKEYRSEVSSLIGELAAAAAAEKGLVFEDAIEERLCAYSRAV...
XP_057767754.1
MRCLNPLRNLDGANGMLEPWFETKGLGDADQVLAYFAVSKLGEPPVDGITDTNPEGLTAAYGKWASAVAGRLRAGGLSCKVLEKEAFQKQMLEKLIWICAFMLVGARHPGATVGAVEKEYRSEVSSLIGELAAAAAAEKGLVFEDAIEERLCAYSRAVAHFPTAVKEFKWRNGWFYSLSEKAIAQGKQDPCPLHTVWLKELKIV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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