Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000479`

染色体: Chr06 坐标: 3894559-3897047 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000479`
名称	SmilChr06G000479
描述	protein HEADING DATE REPRESSOR 1
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	3894559 - 3897047 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988033`
GeneID	`130988033`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988033`
原始查询	`SmilChr06G000479`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein HEADING DATE REPRESSOR 1
产物	protein HEADING DATE REPRESSOR 1
Arabidopsis	`AT1G80940` (AT1G80940) Snf1 kinase interactor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844434] identity=66.2; qcov=0.929; evalue=3.05e-77; confidence=high
Rice	`Os02g0793900` (HDR1) - identity=57.6; qcov=0.976; evalue=1.34e-69; confidence=high
GO	GO:0009909 (regulation of flower development)
KEGG	-
Pfam	PF30963 (HDR1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988033

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057767764.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057767764.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767764.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767764.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057767764.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:3894817`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B136,B51,B53,B98
`Chr6:3894827`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B118,B67,C63
`Chr6:3894990`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B132,C13,C18,C39,C71
`Chr6:3895123`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C23,D11
`Chr6:3895255`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,C28,C73,C78,C82
`Chr6:3895272`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B107
`Chr6:3895292`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B6
`Chr6:3895292`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767764.1

210 aa

105

210

HDR1

PF30963 HDR1 72-188 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767764.1`	Pfam	`PF30963`	HDR1	Domain	72	188	2.3e-70	234.8	Heading date repressor 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911781.1
GGAAACGTGAATAAACTCTGTAAAATAAAAATGGGACCGAAACAAGAAAGAGGTACACGAAACGAGGCAACTACCAAAGCGACAAATCCCAACCGTCCAAACAACCTTTGATGATGCCGTCAAACAATATCCCATTTCACCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACAATTCCCTGCATCATTTCTTGAAAGTTGCTGTACGAAGAAAACCAGCCAGAAATATTTTTGTGGGCAAGAAAATCCCGATGCTGAGTTGTTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988033
ATGGGAGAAGCAGCAGCGCCAAATAAGGGGGGAAGTCTCAACGGATTATTCTCTCCGGTTTCTTCTGCTCCGGTTCTCTGGAAATCTAGGAAAAGATTAGCTGGCAGTGTGAAGAACACAAACGAGACGTTAGATGGTTTGAGTAGTGACAAAACCCCGGAGAAACAACCCGAGTTGTCAGCAGAGGACAAGCTGCAGGAAGAACTGAACAGCCTCTCAGAGAAACGCAAGGCTCTATTCGAACCACTGGAACCGGTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767764.1
MGEAAAPNKGGSLNGLFSPVSSAPVLWKSRKRLAGSVKNTNETLDGLSSDKTPEKQPELSAEDKLQEELNSLSEKRKALFEPLEPVINANGKRPSAESLLPPPDFESASYPKGWLIGKKRKLVNVDVVESMRRIAVQEMNRKDREIDGLNEQLEEDARCLEHLQLQLLDERSKRADVERQNTMLQSQITMLMDMLQENEAVEDQETQADS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器