Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000485`

染色体: Chr06 坐标: 3977629-3982480 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000485`
名称	SmilChr06G000485
描述	uncharacterized SmilChr06G000485
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	3977629 - 3982480 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990061`
GeneID	`130990061`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990061`
原始查询	`SmilChr06G000485`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=26.3; qcov=0.326; evalue=2.07e-42; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=28.9; qcov=0.559; evalue=7.23e-111; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990061

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057770242.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057770242.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057770242.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770242.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770242.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:3977720`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B94,C25
`Chr6:3977729`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B137,B21,B60
`Chr6:3977760`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr6:3977763`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr6:3977769`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr6:3977817`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B111,B128,C51,C60,D10
`Chr6:3977860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr6:3977865`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B111,B137,B21
`Chr6:3977994`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr6:3978054`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr6:3978114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B105
`Chr6:3978284`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770242.1

1493 aa

746

1493

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 489-750 aa PF13966 zf-RVT 1009-1086 aa PF13456 RVT_3 1216-1284 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770242.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	489	750	6.8e-31	108.4	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057770242.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1009	1086	5.4e-16	59.7	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057770242.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1216	1284	2.2e-08	34.8	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914259.1
ATGACGGACGAGTCCAAGCGTTTGCTCAAAGAGCATTGTAGTTCGTTTTCTCCTGTTATCTTGGGTATTATTGAACCTAAGAAAGCTCTTCGTAAAATTCGCCAAAACTTCTGGACTTCGGTGAATTTAGTCCCGGTGCACCAGAACTGTAGAGATCCTAGTTGCCCGAACATTTGGATCCTTGCTCAGCCTTCTGTTGTTACCACTGTCATCTTTTCTTCGTCTCAGGCGGTTATCGTTGATTGTATCTGGCAGAATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990061
ATGACGGACGAGTCCAAGCGTTTGCTCAAAGAGCATTGTAGTTCGTTTTCTCCTGTTATCTTGGGTATTATTGAACCTAAGAAAGCTCTTCGTAAAATTCGCCAAAACTTCTGGACTTCGGTGAATTTAGTCCCGGTGCACCAGAACTGTAGAGATCCTAGTTGCCCGAACATTTGGATCCTTGCTCAGCCTTCTGTTGTTACCACTGTCATCTTTTCTTCGTCTCAGGCGGTTATCGTTGATTGTATCTGGCAGAATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770242.1
MTDESKRLLKEHCSSFSPVILGIIEPKKALRKIRQNFWTSVNLVPVHQNCRDPSCPNIWILAQPSVVTTVIFSSSQAVIVDCIWQNLCFRVAIIHGANEQTLRRDLWRDLLHFTSGNTVFIGDFNAVKGANERISTASPARSSCMEFCSFIDDTCFIESPTDGLRFTWSGRRFLPRHVESILDRALFSQSFADLWDSVTTSILPRVTSDHSPLVLRCNRFCYSGKRQFRFLNMWVLHPTFQETVRTSWQNAVSTSCPILL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器