Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000497

染色体: Chr06 坐标: 4092433-4095893 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000497
名称SmilChr06G000497
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30825, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向4092433 - 4095893 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988050
GeneID130988050
locus_tag-
NCBI NameLOC130988050
原始查询SmilChr06G000497

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30825, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30825%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G30825 (AT4G30825)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829206]
identity=54.9; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0423300
-
identity=51.9; qcov=0.896; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988050

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057767786.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057767786.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767786.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767786.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767786.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:4092987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr6:4093094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B76,B78
Chr6:4093195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B32,C42
Chr6:4093224 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:4093420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B6,C35,C67
Chr6:4093516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C51
Chr6:4093591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,C44
Chr6:4093696 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr6:4093976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B32,C42
Chr6:4094063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr6:4094288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr6:4094368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767786.1
938 aa
N
1
469
938
PPR_long
PPR
PPR
PPR
TPR_24
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_long
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR_long
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF17177 PPR_long 210-365 aa PF01535 PPR 211-238 aa PF01535 PPR 247-276 aa PF01535 PPR 316-342 aa PF23276 TPR_24 322-438 aa PF01535 PPR 352-380 aa PF13812 PPR_3 352-392 aa PF13041 PPR_2 382-428 aa PF01535 PPR 386-415 aa PF01535 PPR 421-450 aa PF01535 PPR 528-548 aa PF01535 PPR 597-623 aa PF17177 PPR_long 684-843 aa PF01535 PPR 700-728 aa PF13041 PPR_2 700-744 aa PF13812 PPR_3 700-745 aa PF01535 PPR 734-763 aa PF13812 PPR_3 765-815 aa PF01535 PPR 768-798 aa PF13812 PPR_3 789-850 aa PF17177 PPR_long 789-916 aa PF01535 PPR 804-833 aa PF13041 PPR_2 804-845 aa PF01535 PPR 838-868 aa PF13041 PPR_2 839-882 aa PF13812 PPR_3 859-917 aa PF12854 PPR_1 867-899 aa PF13041 PPR_2 870-917 aa PF01535 PPR 874-903 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767786.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 210 365 3.9e-30 105.5 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 211 238 3.6e-85 275.2 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 247 276 3.6e-85 275.2 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 316 342 3.6e-85 275.2 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 322 438 2.9e-27 95.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 352 380 3.6e-85 275.2 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 352 392 8.3e-51 170.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767786.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 382 428 3.9e-80 264.5 PPR repeat family
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 386 415 3.6e-85 275.2 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 421 450 3.6e-85 275.2 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 528 548 3.6e-85 275.2 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 597 623 3.6e-85 275.2 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 684 843 3.9e-30 105.5 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 700 728 3.6e-85 275.2 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 700 744 3.9e-80 264.5 PPR repeat family
XP_057767786.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 700 745 8.3e-51 170.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 734 763 3.6e-85 275.2 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 765 815 8.3e-51 170.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 768 798 3.6e-85 275.2 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 789 850 8.3e-51 170.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767786.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 789 916 3.9e-30 105.5 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 804 833 3.6e-85 275.2 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 804 845 3.9e-80 264.5 PPR repeat family
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 838 868 3.6e-85 275.2 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 839 882 3.9e-80 264.5 PPR repeat family
XP_057767786.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 859 917 8.3e-51 170.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057767786.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 867 899 1.1e-52 176.1 PPR repeat
XP_057767786.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 870 917 3.9e-80 264.5 PPR repeat family
XP_057767786.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 874 903 3.6e-85 275.2 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911803.1
AGATATTCGCATTATTTTATATTTACACGAGGGAGAAAATACAATAGTTTATCATCTTCTTTCACTAAAGTTTGGAAAACTCGACTTCACAAACTGTTACTTTTCCTAGTTGAAGTAAAAAACAGAGAGCTTCTTCTCCTCCACTTCTTTCAGCTTCCATTATCCTGTCTAAACTCTCCACTTTTTGATTGGAGGTGCGATTTTTCAAGCTGAAATCCACTTCTTTGAAGCTGAATTTAAATTTCATTATCAGATTCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988050
ATGGCCTCTCTGAAGCTCGTAATTTCACCAGATAACAGCTCGCATGATATCAAAAAGCTAAGTTCTCCTTTTAATTCCTTCAGTTTTGCTTCAAATACTTTGTCTTCTGGCTTTTGGAGTACGAATGGGGCACTCTTTTTAAAGCCGTTTTGTAAATTGAAACACATTAGGGTTTCTAGGTTGGATAATGAGTTTTTGGATAAGTCTGAAACCAAGTTGGACGATGATTGGACTGATAATGTGAAGAAGTACGTGGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767786.1
MASLKLVISPDNSSHDIKKLSSPFNSFSFASNTLSSGFWSTNGALFLKPFCKLKHIRVSRLDNEFLDKSETKLDDDWTDNVKKYVDGDDNLVLEGQDIHGDSNRVRVNIWKKFRGAKTLRNKSKKNLDDQRNGKKHKREGKFVIPSQKVGANSVFDSQTVLDLDFNALNPDWSLDCCNQILEQLERSNDGKASRFFEWMKVNGKLKKNLTAYNFLLRVLGRKGDWDGAELMIKEMVSDSGCKLTYQIFNTLIYTCYKNGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器