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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000499

染色体: Chr06 坐标: 4100519-4101076 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000499
名称SmilChr06G000499
描述glycine-rich protein 5-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向4100519 - 4101076 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990063
GeneID130990063
locus_tag-
NCBI NameLOC130990063
原始查询SmilChr06G000499

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich protein 5-like
产物glycine-rich protein 5-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990063

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057770244.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770244.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770244.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770244.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770244.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:4100607 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B140,C41
Chr6:4100607 ATT A 2bp_deletion CDS_variant 2 B140,C41
Chr6:4100698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr6:4100798 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 15 A10,A21,A24,A3,A8,B106,B126,B41,B89,C40,C66,C70,C81,D10,D2
Chr6:4100937 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 33 A22,B1,B109,B110,B118,B13,B137,B16,B24,B34,B37,B44,B53,B67,B68,B69,B77,B93,B99,C13,C14,C17,C30,C32,C34,C41,C48,C51,C55,C59,C61,C63,C68
Chr6:4101059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr6:4101075 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 48 A1,A18,A2,A20,A25,B105,B107,B109,B112,B115,B129,B13,B130,B131,B135,B138,B15,B20,B25,B27,B35,B38,B39,B42,B43,B49,B5,B50,B60,B61,B64,B88,B95,B98,C1,C12,C23,C25,C29,C33,C4,C5,C53,C54,C79,D2,D3,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914261.1
ATGGTTGGGAGGAAAGCCTATTTGGCGCTTCTATTTCTCATTTTTGTGGTGGCGTGTGTGGAGCCCACCACCAAGCTGCCTCAAAATGGTCTAGTCAAACCTGCTTGTGATGACAAAGGTGGTAGTGGTGGTGGCGGCGTCGGAGGCGGAGGCGGTATTGGTGGTGGCGGTGTGGGAGGTAGCATAGGCAGAGCCCATAGTGGTGGAAAGCACCACAAGAAGGGGGAAAAGCAGAATGGTGGAAGAGGTTCAGGAATTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990063
ATGGTTGGGAGGAAAGCCTATTTGGCGCTTCTATTTCTCATTTTTGTGGTGGCGTGTGTGGAGCCCACCACCAAGCTGCCTCAAAATGGTCTAGTCAAACCTGCTTGTGATGACAAAGGTGGTAGTGGTGGTGGCGGCGTCGGAGGCGGAGGCGGTATTGGTGGTGGCGGTGTGGGAGGTAGCATAGGCAGAGCCCATAGTGGTGGAAAGCACCACAAGAAGGGGGAAAAGCAGAATGGTGGAAGAGGTTCAGGAATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770244.1
MVGRKAYLALLFLIFVVACVEPTTKLPQNGLVKPACDDKGGSGGGGVGGGGGIGGGGVGGSIGRAHSGGKHHKKGEKQNGGRGSGIGGGIGGGGSGIVGGGGGIGGGIGGGVGGGIGGGIGGGGFGGGGGFGGGFGGGSGEGAGGGAGFGGGIGKGIGGGGGGGGGGGGAGFGGGLGGGNEPNKP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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