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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000502

染色体: Chr06 坐标: 4145686-4153209 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000502
名称SmilChr06G000502
描述uncharacterized SmilChr06G000502
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向4145686 - 4153209 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988053
GeneID130988053
locus_tag-
NCBI NameLOC130988053
原始查询SmilChr06G000502

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zein-binding protein (Protein of unknown function, DUF593) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835893]; symbol=AT5G57830; hit=AT5G57830; species=arabidopsis; confidence=medium
产物zein-binding protein (Protein of unknown function, DUF593) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835893]; symbol=AT5G57830; hit=AT5G57830; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G57830 (AT5G57830)
zein-binding protein (Protein of unknown function, DUF593) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835893]
identity=35.4; qcov=0.597; evalue=1.13e-33; confidence=medium
RiceOs08g0442350
-
identity=33.9; qcov=0.431; evalue=1.57e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF04576 (Zein-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988053

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057767790.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057767790.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767790.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767790.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767790.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:4147250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr6:4147330 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr6:4147410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B103,B51
Chr6:4147421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr6:4147442 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B46
Chr6:4147442 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr6:4147640 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B51
Chr6:4147931 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B102,B20,C33,C58
Chr6:4148107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B58,B69
Chr6:4148116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B67,C63
Chr6:4148227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,C13,C60,D1
Chr6:4148350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767790.1
534 aa
N
1
267
534
Zein-binding
C
PF04576 Zein-binding 16-106 aa
XP_057767791.1
534 aa
N
1
267
534
Zein-binding
C
PF04576 Zein-binding 16-106 aa
XP_057767792.1
534 aa
N
1
267
534
Zein-binding
C
PF04576 Zein-binding 16-106 aa
XP_057767793.1
534 aa
N
1
267
534
Zein-binding
C
PF04576 Zein-binding 16-106 aa
XP_057767794.1
534 aa
N
1
267
534
Zein-binding
C
PF04576 Zein-binding 16-106 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767790.1 Pfam PF04576 Zein-binding Coiled-coil 16 106 1.7e-30 105.9 Zein-binding
XP_057767791.1 Pfam PF04576 Zein-binding Coiled-coil 16 106 1.7e-30 105.9 Zein-binding
XP_057767792.1 Pfam PF04576 Zein-binding Coiled-coil 16 106 1.7e-30 105.9 Zein-binding
XP_057767793.1 Pfam PF04576 Zein-binding Coiled-coil 16 106 1.7e-30 105.9 Zein-binding
XP_057767794.1 Pfam PF04576 Zein-binding Coiled-coil 16 106 1.7e-30 105.9 Zein-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911811.1
AATCCACATTTGATACAATATAGACACGTATACAGAATATGAAGGTAAAGCTGAATTTGGTAAACTTCAGTTGAACTGAGACGATTCTGTTCAAGCTCCCCTAATTCTGTCAATGGCGAAAAATTTGAACTATCTTCTTCCACCAGTTCGTCAGAGTGATCATCATTCTCCCCCAGAAAAAGGAAAAGCAAAAGAGAAAACTCTTCCAATCATCCTAACGTCCAAAAAGAAGGAAAAGCAACGGACAACAACTCATCCAT...
XM_057911810.1
AATCCACATTTGATACAATATAGACACGTATACAGAATATGAAGGTAAAGCTGAATTTGGTAAACTTCAGTTGAACTGAGACGATTCTGTTCAAGCTCCCCTAATTCTGTCAATGGCGAAAAATTTGAACTATCTTCTTCCACCAGTTCGTCAGAGTGATCATCATTCTCCCCCAGAAAAAGGAAAAGCAAAAGAGAAAACTCTTCCAATCATCCTAACGTCCAAAAAGAAGGAAAAGCAACGGACAACAACTCATCCAT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130988053
ATGATGGCTAACAGCTGCACGGTGATGTCCCAATCAGAGATTACTTCTCTAAAGGACGCACTTTGTGCTCAGCAAAAGCTTCTGCAGAAACTTTACAATGAGTTGGAAGCAGAAAGAGAAGCTTCCGCCACTGCAGCTAGCGAAGCTTTATCTGTGATATTGCGTCTACAAGGAGAGAAGGCCGCCGTCAAGATGGAGGCGGAGCAGTACAAGAGATTGGCGGAGGAGCGGATGTGTCACGCGGAAGAATCCTTTGCCCT...
LOC130988053
ATGATGGCTAACAGCTGCACGGTGATGTCCCAATCAGAGATTACTTCTCTAAAGGACGCACTTTGTGCTCAGCAAAAGCTTCTGCAGAAACTTTACAATGAGTTGGAAGCAGAAAGAGAAGCTTCCGCCACTGCAGCTAGCGAAGCTTTATCTGTGATATTGCGTCTACAAGGAGAGAAGGCCGCCGTCAAGATGGAGGCGGAGCAGTACAAGAGATTGGCGGAGGAGCGGATGTGTCACGCGGAAGAATCCTTTGCCCT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057767790.1
MMANSCTVMSQSEITSLKDALCAQQKLLQKLYNELEAEREASATAASEALSVILRLQGEKAAVKMEAEQYKRLAEERMCHAEESFALIEDMITEKEMEVAELDYQVQTYKYQLMSMGFDVPSSDDIAIPENLFHRNECLAGETSLHSKCKKALFELESSTSADLDFSSKPVEEEQLGHETNEFASFVSDSEKLKFDTSAHDQGMSSYAEQIKDLEVRIKEMTGADVTGFMSEAPTPAISKRSSAANLPSLPNLATLLNET...
XP_057767791.1
MMANSCTVMSQSEITSLKDALCAQQKLLQKLYNELEAEREASATAASEALSVILRLQGEKAAVKMEAEQYKRLAEERMCHAEESFALIEDMITEKEMEVAELDYQVQTYKYQLMSMGFDVPSSDDIAIPENLFHRNECLAGETSLHSKCKKALFELESSTSADLDFSSKPVEEEQLGHETNEFASFVSDSEKLKFDTSAHDQGMSSYAEQIKDLEVRIKEMTGADVTGFMSEAPTPAISKRSSAANLPSLPNLATLLNET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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