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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000518

染色体: Chr06 坐标: 4273744-4278996 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000518
名称SmilChr06G000518
描述protein MULTIPOLAR SPINDLE 1
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向4273744 - 4278996 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988064
GeneID130988064
locus_tag-
NCBI NameLOC130988064
原始查询SmilChr06G000518

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein MULTIPOLAR SPINDLE 1
产物protein MULTIPOLAR SPINDLE 1
ArabidopsisAT5G57880 (MPS1)
multipolar spindle 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835898]
identity=44.8; qcov=1.01; evalue=9.77e-67; confidence=medium
RiceOs08g0555800
-
identity=38.8; qcov=1.01; evalue=1.73e-47; confidence=medium
GOGO:0000212 (meiotic spindle organization); GO:0042138 (meiotic DNA double-strand break formation)
KEGG-
PfamPF30991 (MPS1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988064

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767806.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057767806.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767806.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767806.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767806.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:4274567 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:4275586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,C61
Chr6:4276343 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B20,C33,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767806.1
381 aa
N
1
190
381
MPS1
C
PF30991 MPS1 119-360 aa
XP_057767807.1
381 aa
N
1
190
381
MPS1
C
PF30991 MPS1 119-360 aa
XP_057767808.1
304 aa
N
1
152
304
MPS1
C
PF30991 MPS1 119-303 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767806.1 Pfam PF30991 MPS1 Domain 119 360 1.8e-100 336.2 Multipolar spindle 1 C-terminal domain
XP_057767807.1 Pfam PF30991 MPS1 Domain 119 360 1.8e-100 336.2 Multipolar spindle 1 C-terminal domain
XP_057767808.1 Pfam PF30991 MPS1 Domain 119 303 7.5e-66 222.9 Multipolar spindle 1 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911825.1
AAAAGAGAGAAAGAAGATTGAGTCAATTCTTCAGTTTCTCTCTCTCTATAAATATGACGTAACGCCACATTCAAATATCAGCGGTAACTCCCGCGCTCAATCAAATTCAGGCTACCTAATGGAAGATTCATCAAAAGAATTAGATCCATCTCTCAAACTTGCTATAGCAGTGGCGTTAGCTCATTCCAGGCGCCGCCAGGGGCTTCCTCCTCCGTCCGCCACTACTACCTCTGCTCGCGACGACGATTCTCGAGAGAAAT...
XM_057911823.1
GAGAGAAAGAAGATTGAGTCAATTCTTCAGTTTCTCTCTCTCTATAAATATGACGTAACGCCACATTCAAATATCAGCGGTAACTCCCGCGCTCAATCAAATTCAGGCTACCTAATGGAAGATTCATCAAAAGAATTAGATCCATCTCTCAAACTTGCTATAGCAGTGGCGTTAGCTCATTCCAGGCGCCGCCAGGGGCTTCCTCCTCCGTCCGCCACTACTACCTCTGCTCGCGACGACGATTCTCGAGAGAAATGCGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130988064
ATGGAAGATTCATCAAAAGAATTAGATCCATCTCTCAAACTTGCTATAGCAGTGGCGTTAGCTCATTCCAGGCGCCGCCAGGGGCTTCCTCCTCCGTCCGCCACTACTACCTCTGCTCGCGACGACGATTCTCGAGAGAAATGCGGTGACAATTCTGAACCTGATGCGATCAAATGGAAAAATAAGGCCAAGCAGAGGAAAAGAGAAATTCTTAAACTGAAAGAAGATCTAAAAATTGCTGAAGGAGGGATGCAACATGA...
LOC130988064
ATGGAAGATTCATCAAAAGAATTAGATCCATCTCTCAAACTTGCTATAGCAGTGGCGTTAGCTCATTCCAGGCGCCGCCAGGGGCTTCCTCCTCCGTCCGCCACTACTACCTCTGCTCGCGACGACGATTCTCGAGAGAAATGCGGTGACAATTCTGAACCTGATGCGATCAAATGGAAAAATAAGGCCAAGCAGAGGAAAAGAGAAATTCTTAAACTGAAAGAAGATCTAAAAATTGCTGAAGGAGGGATGCAACATGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057767806.1
MEDSSKELDPSLKLAIAVALAHSRRRQGLPPPSATTTSARDDDSREKCGDNSEPDAIKWKNKAKQRKREILKLKEDLKIAEGGMQHDLFPQNVSCKCYFYDNLGHLSPNHGSYQDRINDVLRRRFLRQVRLAERKKRRLNGSLVQSYISDTAVENELEQLKASVDFLVELCETSSPTGAEEANFKNQSHQAADFILAALKDLSLGGKLDETTESIVSCLIMRLMQMMCNGSQRDESVRYSFQNYDQHLMRKLGSDPYIGQ...
XP_057767807.1
MEDSSKELDPSLKLAIAVALAHSRRRQGLPPPSATTTSARDDDSREKCGDNSEPDAIKWKNKAKQRKREILKLKEDLKIAEGGMQHDLFPQNVSCKCYFYDNLGHLSPNHGSYQDRINDVLRRRFLRQVRLAERKKRRLNGSLVQSYISDTAVENELEQLKASVDFLVELCETSSPTGAEEANFKNQSHQAADFILAALKDLSLGGKLDETTESIVSCLIMRLMQMMCNGSQRDESVRYSFQNYDQHLMRKLGSDPYIGQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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