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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000520

染色体: Chr06 坐标: 4287101-4287676 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000520
名称SmilChr06G000520
描述UPF0057 membrane protein At2g24040-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向4287101 - 4287676 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988066
GeneID130988066
locus_tag-
NCBI NameLOC130988066
原始查询SmilChr06G000520

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UPF0057 membrane protein At2g24040-like
产物UPF0057 membrane protein At2g24040-like
ArabidopsisAT4G28088 (AT4G28088)
Low temperature and salt responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745729]
identity=73; qcov=0.9; evalue=2.17e-27; confidence=medium
RiceOs09g0558100 (OsRCI2-11)
-
identity=65.7; qcov=0.957; evalue=1.86e-25; confidence=medium
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF01679 (Pmp3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988066

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057767812.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057767812.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767812.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767812.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767812.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767812.1
70 aa
N
1
35
70
Pmp3
C
PF01679 Pmp3 7-54 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767812.1 Pfam PF01679 Pmp3 Family 7 54 1.5e-19 70.5 Proteolipid membrane potential modulator

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911829.1
AATTAATTTGGAAACAATCAGACCCTATCGCTTCCAACCATATTGCTTTGCCTCCAATCAGCCAATCGCTCTCAACGGACACTGCCGGTAAATCAAGCAGATCTCTCTCTCTAAACTGATAGCTTTTGGGGATTGATAGAGATTCAGAAAAGAAAATGTCTTGCTGTATAATCTTCTGCGAGATCTTACTTGCAATCTTGCTTCCCCCTCTCGGTGTTTGCCTCCGCCATGGCTGCTGCACGGTGGAGTTCTTCATTTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988066
ATGTCTTGCTGTATAATCTTCTGCGAGATCTTACTTGCAATCTTGCTTCCCCCTCTCGGTGTTTGCCTCCGCCATGGCTGCTGCACGGTGGAGTTCTTCATTTGCTTGGTGTTGACTATTTTGGGGTACATACCTGGGATTATCTACGCTCTCTACGCGATTGCTTGCCTTGATCCTGATAGGTTCCGTGAAGAGTACTATGTGCTAGCATAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767812.1
MSCCIIFCEILLAILLPPLGVCLRHGCCTVEFFICLVLTILGYIPGIIYALYAIACLDPDRFREEYYVLA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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