当前解析结果
SmilChr06G000539| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000539 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000539 |
| 描述 | early nodulin-like protein 12 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 4502643 - 4503525 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988083 |
|---|---|
| GeneID | 130988083 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988083 |
| 原始查询 | SmilChr06G000539 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | early nodulin-like protein 12 |
| 产物 | early nodulin-like protein 12 |
| Arabidopsis | AT4G30590 (ENODL12)early nodulin-like protein 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829182] identity=43.6; qcov=0.787; evalue=8.86e-38; confidence=medium |
| Rice | Os01g0748150 (OsENODL1)- identity=39.7; qcov=0.792; evalue=2.66e-27; confidence=medium |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02298 (Cu_bind_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988083 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057767823.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057767823.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767823.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767823.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767823.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:4502778 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr6:4502831 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B55,C2 |
Chr6:4502993 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C53 |
Chr6:4503083 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B128,B137,B72,C19 |
Chr6:4503182 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr6:4503306 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B30,B75,B84,C19,D10 |
Chr6:4503307 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B30,B75,B84,C19,D10 |
Chr6:4503312 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | A8,C85 |
Chr6:4503312 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | A8,C85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767823.1PF02298
Cu_bind_like 31-115 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767823.1 |
Pfam | PF02298 |
Cu_bind_like | Domain | 31 | 115 | 6.2e-25 | 87.7 | Plastocyanin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。