当前解析结果
SmilChr06G000562| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000562 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000562 |
| 描述 | formin-like protein 13 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 4787554 - 4799803 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988105 |
|---|---|
| GeneID | 130988105 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988105 |
| 原始查询 | SmilChr06G000562 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | formin-like protein 13 |
| 产物 | formin-like protein 13 |
| Arabidopsis | AT2G25050 (AT2G25050)actin-binding FH2 (formin 2) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817043] identity=67.1; qcov=0.305; evalue=0; confidence=low |
| Rice | Os08g0280200 (OsFH6)- identity=67.9; qcov=0.334; evalue=0; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02181 (FH2); PF10409 (PTEN_C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988105 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057767848.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057767848.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057767848.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767848.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767848.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:4788163 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B6 |
Chr6:4788164 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B6 |
Chr6:4788165 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C78,C83,D4 |
Chr6:4788237 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B130,C22,C65 |
Chr6:4791556 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:4791709 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:4793430 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C78,C83,D4 |
Chr6:4793464 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,B98 |
Chr6:4793920 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr6:4794005 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C28,C73 |
Chr6:4794038 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:4794158 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C78,C83,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767848.1PF10409
PTEN_C2 199-337 aa
PF02181
FH2 884-1253 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767848.1 |
Pfam | PF10409 |
PTEN_C2 | Domain | 199 | 337 | 3.4e-41 | 140.8 | C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein |
XP_057767848.1 |
Pfam | PF02181 |
FH2 | Family | 884 | 1253 | 1.8e-112 | 376.9 | Formin Homology 2 Domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。