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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000563`

染色体: Chr06 坐标: 4800999-4802517 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000563`
名称	SmilChr06G000563
描述	uncharacterized SmilChr06G000563
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	4800999 - 4802517 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988108`
GeneID	`130988108`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988108`
原始查询	`SmilChr06G000563`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RTF2 RING-finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835914]; symbol=AT5G58020; hit=AT5G58020; species=arabidopsis; confidence=high
产物	RTF2 RING-finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835914]; symbol=AT5G58020; hit=AT5G58020; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G58020` (AT5G58020) RTF2 RING-finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835914] identity=59.3; qcov=0.944; evalue=9.04e-120; confidence=high
Rice	`Os06g0183900` - identity=51.7; qcov=0.944; evalue=4.57e-99; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0071171 (site-specific DNA replication termination at RTS1 barrier); GO:1902979 (mitotic DNA replication termination)
KEGG	-
Pfam	PF04641 (Rtf2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988108

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057767850.1`
2	Nucleolus	核仁	0.60000	`XP_057767850.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767850.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767850.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057767850.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:4801231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:4801418`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C67
`Chr6:4801418`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C67
`Chr6:4801420`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,B98
`Chr6:4801433`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B81
`Chr6:4801440`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B26,B9
`Chr6:4801517`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C16,C52
`Chr6:4801699`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B81
`Chr6:4801699`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B81
`Chr6:4801848`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr6:4802025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B30,B84,C19
`Chr6:4802192`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C39,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767850.1

375 aa

188

375

Rtf2

PF04641 Rtf2 113-359 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767850.1`	Pfam	`PF04641`	Rtf2	Family	113	359	1.5e-74	251.4	Rtf2 RING-finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911867.1
GCATTAGAGCTTGTCCCTTCGGGGACATCCGATAAAATTGGAACGATACAGAGAAGATTAGCATGGCCCCTGCGCAAGGATGACACGCATAAATCGAGAAATGGTCCAAATTTTTTTTATATATATTTTTAAAAGTTTAATAAAATAAACTTAACTTTTTTTTTTTTTTTCTTCAAAGACGTCATTAGCCTCTTCGCAGCAGTCTATGCATCCCTTCTTCACCTTCGTCTCAGATTCATCTTCCAGATCGTCCAAAAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988108
ATGCATCCCTTCTTCACCTTCGTCTCAGATTCATCTTCCAGATCGTCCAAAAACTTCCCCAATCACACAGCCATGAAAACCACACCTCAAAATTTCCAGATTTTCTTGCAATCTCCAGACCTCGGAATTGCTACGCGTGCCCTGATTTTTCAAAACCCTAACCCTAATCTCACCCTCCACCACCTTAAGTCCTCTATTTTCCCCGCAGCTTCGATCCCGGAGGGTTCCTCCTTCTTCACTCTCAATGGAAAGCCGCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767850.1
MHPFFTFVSDSSSRSSKNFPNHTAMKTTPQNFQIFLQSPDLGIATRALIFQNPNPNLTLHHLKSSIFPAASIPEGSSFFTLNGKPLSDSTPLLQNRQITPFSTLTLHIRFHGGGGDGGATGAESRDCYLKMYAVKKPDKVDPHEQRLSKWLNCSLSNEPLRPPVVIDALGNFFNKEALVEALLKKNMPKQFWYIKGLKDMITVELTESPGAKEDGEAKFQCPITGLEFNGKYKFFALRSCGHVLSAKGFKEVKSSACLIC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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