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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000575

染色体: Chr06 坐标: 4900156-4903610 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000575
名称SmilChr06G000575
描述uncharacterized SmilChr06G000575
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向4900156 - 4903610 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988121
GeneID130988121
locus_tag-
NCBI NameLOC130988121
原始查询SmilChr06G000575

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin-associated protein (DUF1068) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816965]; symbol=AT2G24290; hit=AT2G24290; species=arabidopsis; confidence=high
产物ubiquitin-associated protein (DUF1068) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816965]; symbol=AT2G24290; hit=AT2G24290; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G24290 (AT2G24290)
ubiquitin-associated protein (DUF1068) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816965]
identity=66.7; qcov=1.01; evalue=6.66e-78; confidence=high
RiceOs04g0501800 (OSJNBa0029H02.27)
-
identity=59.1; qcov=0.994; evalue=6.96e-59; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF06364 (DUF1068)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988121

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057767871.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057767871.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057767871.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767871.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767871.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:4900617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:4900652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C65,D9
Chr6:4900700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,C16,C77
Chr6:4903219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,C18
Chr6:4903293 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767871.1
172 aa
N
1
86
172
DUF1068
C
PF06364 DUF1068 7-170 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767871.1 Pfam PF06364 DUF1068 Family 7 170 2.2e-65 220.3 Protein of unknown function (DUF1068)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911888.1
TTCAAACTCAAAAAAGAAATAAAAATTTGCCGCATAATCATATTCACCTACGATGAAGTCTTCTGATCAAATATGCTCTATCTTATAAAAATAATTTTACTATTCAGATATCTGATTTATTTAAAAAAATAAGTAAATGTGCTTAAATAGGTAAAAATGGTTTCGTCGTGGTAAGTAAGATAGTATTTGAAAAAGGGTAAAATAGTGACCGACGCCTTCCCAATATTTGCCAACGCATGATTTAAGGGAAGATAGCGCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988121
ATGAGTAGGAGATCGGGGGCTTGGTTGAGGTGTTGCTTGGTGATTTTTGCGGTGGTTTCAGCTCTCTGCGTATCTGGGCCGGCTTTGTATTTCAAGTTTAAGAAAGGGTTGAAATTGAAAGGGCTTTCTGATTCTTGCCCACCGTGCACCTGCAATTGTGCTCCTCCTCGGTCCCTTTTCCAGATTGTTCCTGGCCTGGCTAATCTCTCTATTTCTGATTGTGGGAAAGATGACCCTGACCTCAAGGAAGAGATGGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767871.1
MSRRSGAWLRCCLVIFAVVSALCVSGPALYFKFKKGLKLKGLSDSCPPCTCNCAPPRSLFQIVPGLANLSISDCGKDDPDLKEEMEKQFVDLLSEELKLEETVGVEHSHHMNITLGEAKRLATLFQHEADKCIAATETCEGARERAVVLLSKEKKLTSLWERRARQAGWEGE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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