Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000577

染色体: Chr06 坐标: 4932525-4933898 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000577
名称SmilChr06G000577
描述class V chitinase-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向4932525 - 4933898 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988122
GeneID130988122
locus_tag-
NCBI NameLOC130988122
原始查询SmilChr06G000577

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述class V chitinase-like
产物class V chitinase-like
ArabidopsisAT4G19810 (ChiC)
Glycosyl hydrolase family protein with chitinase insertion domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827725]
identity=58.2; qcov=0.997; evalue=1.93e-153; confidence=high
RiceOs11g0462100
-
identity=36.4; qcov=0.995; evalue=3.05e-68; confidence=medium
GOGO:0004568 (chitinase activity); GO:0005576 (extracellular region); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0006032 (chitin catabolic process); GO:0008061 (chitin binding)
KEGGsmil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00704 (Glyco_hydro_18)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988122

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057767872.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767872.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767872.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767872.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767872.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:4932644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B52,B69,C44,C45
Chr6:4932657 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C82
Chr6:4932657 T TG 1bp_insertion CDS_variant 1 C82
Chr6:4932663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:4932665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,D4
Chr6:4932697 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C45
Chr6:4932711 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:4932742 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B42,B43,B50,B72,C54
Chr6:4932884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:4932938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr6:4932960 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B127,B4,C38,D9
Chr6:4933033 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 132 A11,A16,A18,A19,A20,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A6,B1,B102,B103,B105,B108,B111,B112,B113,B118,B119,B12,B123,B124,B126,B127,B128,B130,B131,B134,B138,B139,B16,B18,B19,B2,B20,B22,B24,B26,B27,B29,B3,B35,B36,B38,B39,B4,B40,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B53,B54,B55,B59,B60,B61,B66,B7,B72,B76,B79,B80,B81,B82,B83,B87,B89,B90,B92,B93,B94,B95,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C19,C2,C21,C22,C23,C25,C26,C33,C35,C36,C38,C40,C41,C45,C48,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C59,C61,C64,C65,C66,C69,C7,C70,C71,C72,C75,C76,C79,C80,C81,C82,C83,C86,D1,D10,D11,D3,D4,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767872.1
367 aa
N
1
184
367
Glyco_hydro_18
C
PF00704 Glyco_hydro_18 32-352 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767872.1 Pfam PF00704 Glyco_hydro_18 Domain 32 352 7e-73 246.8 Glycosyl hydrolases family 18

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911889.1
CATAGATAAGTATCGATTTGTGAGTCAATTGTGAGCATGGCTCCATCAACTAAAGCACTCCTATTCTCAGCTCTCTCCATCTTCCAATTACTCCACCTCTCCGCCGCACAAGCCGCCGTGAATGGCGGCTACTGGTTCCCGGAGAGCGGCTTCCCAGCCGCAAACATAAACTCCACTCTCTTCACCCACCTCTTCTGCGCATTCGCCAACCTCGACCCTTCAACCTATCAAGTCACGGTCTCCTCCTCCAACACCGCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988122
ATGGCTCCATCAACTAAAGCACTCCTATTCTCAGCTCTCTCCATCTTCCAATTACTCCACCTCTCCGCCGCACAAGCCGCCGTGAATGGCGGCTACTGGTTCCCGGAGAGCGGCTTCCCAGCCGCAAACATAAACTCCACTCTCTTCACCCACCTCTTCTGCGCATTCGCCAACCTCGACCCTTCAACCTATCAAGTCACGGTCTCCTCCTCCAACACCGCCTCCTTCTCTCAGTTCACCGCAACGGTCCAGTCCAAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767872.1
MAPSTKALLFSALSIFQLLHLSAAQAAVNGGYWFPESGFPAANINSTLFTHLFCAFANLDPSTYQVTVSSSNTASFSQFTATVQSKNSAVKTLLSIGGGSANRTVFSNMASQPASRTSFINSSIKLARSYGFWGVDLDWEYPQTSADMTNMGTLISEWRRAIAADAQASGKPPLLLTAAFYFSPNLNGLIYPAQSINASLDWVNVMAYDFYDPSWYRFTNSHSMLYDPSGQVSGSAGISAWIQAGVSAKKLALGVPFYGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器