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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000584

染色体: Chr06 坐标: 5023001-5025576 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000584
名称SmilChr06G000584
描述plant intracellular Ras-group-related LRR protein 5-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向5023001 - 5025576 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988129
GeneID130988129
locus_tag-
NCBI NameLOC130988129
原始查询SmilChr06G000584

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述plant intracellular Ras-group-related LRR protein 5-like
产物plant intracellular Ras-group-related LRR protein 5-like
ArabidopsisAT4G35470 (PIRL4)
plant intracellular ras group-related LRR 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829699]
identity=46; qcov=1.01; evalue=8.01e-140; confidence=high
RiceOs10g0572300 (OsIRL5)
-
identity=51.8; qcov=1.02; evalue=2.44e-164; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988129

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057767886.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057767886.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767886.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767886.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767886.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:5023263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B108,B129,C24,C36
Chr6:5023312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr6:5023593 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C28,C73
Chr6:5023731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr6:5024303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C28,C73
Chr6:5024537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr6:5024545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B61,B99,C72,C78,C82
Chr6:5024546 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr6:5024580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C75
Chr6:5024582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:5024759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr6:5024863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767886.1
551 aa
N
1
276
551
LRR_1
LRR_8
C
PF00560 LRR_1 268-289 aa PF13855 LRR_8 360-415 aa
XP_057767887.1
520 aa
N
1
260
520
LRR_1
LRR_8
C
PF00560 LRR_1 268-289 aa PF13855 LRR_8 360-415 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767886.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 268 289 3.2e-14 50.7 Leucine Rich Repeat
XP_057767886.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 360 415 7.5e-27 93.6 Leucine rich repeat
XP_057767887.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 268 289 1.6e-14 51.6 Leucine Rich Repeat
XP_057767887.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 360 415 5.5e-27 94.0 Leucine rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911904.1
TCCCAATATTCGAATGTCAGTAATTTACCCTTGTTAATTATTGGTCATTAATGCCCTAAGCATTGCTAATAGTCATTATTGAAGAGGAGAGTTGACATTATTCAATATTTTTATAAGCCCAAAGAACTCAAACAAAAATCTGCTACGTAATCGTTGTCGTTCATTTCATATCCATTTCGCAATTTTTTTTTATAAAAGGTCGCAATTTCCCCGCCGAATCGCCCCTACCTCCACCATCATTCCTCCGCCATGGCAGCGAC...
XM_057911903.1
ATTGAAGAGGAGAGTTGACATTATTCAATATTTTTATAAGCCCAAAGAACTCAAACAAAAATCTGCTACGTAATCGTTGTCGTTCATTTCATATCCATTTCGCAATTTTTTTTTATAAAAGGTCGCAATTTCCCCGCCGAATCGCCCCTACCTCCACCATCATTCCTCCGCCATGGCAGCGACGGCCCCCAGCTACGCCGCAGCAGTGGAAGAAATCACTACAATCTACAAATCCCTGCCGCCGCGGCCCTCCGTCGAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988129
ATGGCAGCGACGGCCCCCAGCTACGCCGCAGCAGTGGAAGAAATCACTACAATCTACAAATCCCTGCCGCCGCGGCCCTCCGTCGAAGAGGTCGCGGCGGCGAATTCCGTGCTCCAGACTGTGGAATCCGAGCAAAATCTCCAGCTGGAGGAGATATCGAAGCATCCTCCCCCGCAGGGCGTGCCGCCGGAGCTGTTCTCCGTTCTGCAGGAAGTGAAGAAGGCGATGGTGTCTTTCCGGAGTCACGAGCAGCGGAAAGA...
LOC130988129
ATGGCAGCGACGGCCCCCAGCTACGCCGCAGCAGTGGAAGAAATCACTACAATCTACAAATCCCTGCCGCCGCGGCCCTCCGTCGAAGAGGTCGCGGCGGCGAATTCCGTGCTCCAGACTGTGGAATCCGAGCAAAATCTCCAGCTGGAGGAGATATCGAAGCATCCTCCCCCGCAGGGCGTGCCGCCGGAGCTGTTCTCCGTTCTGCAGGAAGTGAAGAAGGCGATGGTGTCTTTCCGGAGTCACGAGCAGCGGAAAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057767886.1
MAATAPSYAAAVEEITTIYKSLPPRPSVEEVAAANSVLQTVESEQNLQLEEISKHPPPQGVPPELFSVLQEVKKAMVSFRSHEQRKEAADLVELDRILQVFDGLIQKASSLVSGRPFLGGDGEDDRDGEIVEEKSVDSSDDDDVDGDSDLKSIYPIITPSSKIVALASAAYPGDGGSEKLNLMDVAAAIENSFKTGATHLDLRGKLMDKVEWLPFTLGKLSTLSELNLSENRIMALPNSIASLKTLMKLDVHGNQLINLP...
XP_057767887.1
MAATAPSYAAAVEEITTIYKSLPPRPSVEEVAAANSVLQTVESEQNLQLEEISKHPPPQGVPPELFSVLQEVKKAMVSFRSHEQRKEAADLVELDRILQVFDGLIQKASSLVSGRPFLGGDGEDDRDGEIVEEKSVDSSDDDDVDGDSDLKSIYPIITPSSKIVALASAAYPGDGGSEKLNLMDVAAAIENSFKTGATHLDLRGKLMDKVEWLPFTLGKLSTLSELNLSENRIMALPNSIASLKTLMKLDVHGNQLINLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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