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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000588

染色体: Chr06 坐标: 5063729-5064082 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000588
名称SmilChr06G000588
描述uncharacterized SmilChr06G000588
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向5063729 - 5064082 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990075
GeneID130990075
locus_tag-
NCBI NameLOC130990075
原始查询SmilChr06G000588

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819258]; symbol=AT2G46490; hit=AT2G46490; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819258]; symbol=AT2G46490; hit=AT2G46490; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G46490 (AT2G46490)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819258]
identity=46.1; qcov=0.667; evalue=1e-18; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990075

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770258.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057770258.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057770258.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770258.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770258.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:5063737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:5063797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr6:5063820 A AG 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 18 A1,B111,B12,B128,B129,B131,B140,B49,B55,B7,B79,C19,C36,C42,C5,C61,C71,D11
Chr6:5064040 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914275.1
ATGTCGGCGGGTGCGGCCGGCGACGGTTTTCACCGAGGCATATTCGAGGGCTGCATCTCAGGCAGAGACATGAGCATCCAGCGGCGACCGTACCATAAGAATTGCAAGTGCGCCCTGCACAAAGAGCGCGGCCACTGCAGCCACGCCTCTCGATACAACAACGTCTCTTATCCGATTAAGAGGACCTGGAGCGAGGGCTGTTTGTTGTTGATGAATGTCTCCTCTCCGACCACCGGCGCCACCTCCCCGTGCCAGTCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990075
ATGTCGGCGGGTGCGGCCGGCGACGGTTTTCACCGAGGCATATTCGAGGGCTGCATCTCAGGCAGAGACATGAGCATCCAGCGGCGACCGTACCATAAGAATTGCAAGTGCGCCCTGCACAAAGAGCGCGGCCACTGCAGCCACGCCTCTCGATACAACAACGTCTCTTATCCGATTAAGAGGACCTGGAGCGAGGGCTGTTTGTTGTTGATGAATGTCTCCTCTCCGACCACCGGCGCCACCTCCCCGTGCCAGTCGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770258.1
MSAGAAGDGFHRGIFEGCISGRDMSIQRRPYHKNCKCALHKERGHCSHASRYNNVSYPIKRTWSEGCLLLMNVSSPTTGATSPCQSSPTFAAAAAQGDMTRTHTHLVLCKGEDEEVD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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