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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000593`

染色体: Chr06 坐标: 5113275-5114705 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000593`
名称	SmilChr06G000593
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	5113275 - 5114705 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988139`
GeneID	`130988139`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988139`
原始查询	`SmilChr06G000593`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO
产物	probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO
Arabidopsis	`AT2G15580` (AT2G15580) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816051] identity=43.2; qcov=0.669; evalue=2.6e-12; confidence=low
Rice	`Os02g0798200` - identity=44.4; qcov=0.634; evalue=1.3e-10; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988139

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057767896.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057767895.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057767895.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767896.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767896.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:5113889`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr6:5114262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B61,C24
`Chr6:5114266`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	9	B117,B91,C27,C31,C56,C65,C70,C71,C81
`Chr6:5114274`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B13
`Chr6:5114274`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B13
`Chr6:5114275`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	186	A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A2,A21,A22,A23,A24,A3,A4,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B109,B110,B111,B115,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B127,B128,B129,B130,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B34,B35,B37,B4,B40,B45,B46,B47,B49,B5,B53,B54,B55,B57,B58,B59,B6,B62,B63,B66,B67,B68,B69,B7,B76,B78,B79,B80,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B99,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C21,C23,C28,C29,C31,C32,C34,C35,C36,C37,C38,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C50,C51,C52,C53,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C78,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C86,C9,D1,D10,D11,D2,D5,D6,D7,D8,D9
`Chr6:5114325`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	113	A1,A10,A11,A13,A2,A24,A3,A4,A5,A7,A9,B10,B100,B102,B106,B110,B111,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B127,B128,B13,B133,B134,B135,B136,B139,B14,B140,B15,B16,B2,B20,B21,B26,B3,B32,B33,B35,B37,B4,B40,B45,B46,B47,B49,B5,B53,B54,B57,B58,B59,B6,B61,B65,B66,B7,B76,B79,B80,B83,B85,B86,B87,B88,B9,B94,B99,C10,C11,C13,C16,C18,C19,C21,C24,C33,C35,C38,C46,C48,C50,C52,C53,C58,C59,C60,C61,C64,C66,C67,C69,C7,C72,C73,C74,C76,C78,C8,C80,C81,C82,C83,C86,D2,D5,D6,D9
`Chr6:5114326`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	160	A10,A14,A15,A16,A19,A20,A22,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B1,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B123,B125,B126,B129,B130,B131,B132,B133,B137,B138,B15,B17,B18,B19,B20,B21,B22,B29,B3,B30,B31,B34,B36,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B45,B47,B48,B50,B52,B53,B54,B55,B6,B60,B62,B64,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B85,B89,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B97,B98,B99,C10,C13,C14,C15,C16,C2,C20,C22,C23,C25,C26,C28,C3,C30,C34,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C47,C48,C49,C5,C51,C54,C55,C57,C6,C60,C62,C65,C67,C7,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C83,C84,C85,C86,C87,D1,D11,D3,D4,D7,D8
`Chr6:5114334`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	149	A1,A10,A11,A13,A15,A2,A20,A21,A24,A3,A4,A5,A7,A9,B10,B100,B101,B102,B104,B105,B108,B110,B111,B113,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B127,B128,B129,B132,B133,B134,B135,B136,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B2,B20,B21,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B32,B33,B35,B37,B4,B40,B41,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B51,B54,B56,B57,B58,B59,B61,B63,B65,B66,B7,B72,B76,B77,B78,B79,B80,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B9,B93,B94,B96,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C21,C24,C25,C26,C27,C29,C33,C34,C35,C36,C39,C45,C46,C48,C5,C50,C52,C53,C54,C55,C56,C58,C59,C60,C61,C64,C66,C69,C7,C72,C73,C74,C76,C8,C80,C81,C82,C86,D2,D3,D5,D6,D9
`Chr6:5114360`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	34	A11,A15,B101,B104,B108,B113,B125,B129,B132,B138,B25,B33,B41,B44,B56,B61,B68,B78,B84,B9,B93,B96,C17,C24,C27,C28,C39,C5,C50,C54,C56,C87,C9,D2
`Chr6:5114368`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	37	A16,A22,B106,B112,B121,B123,B125,B130,B17,B3,B31,B42,B43,B53,B6,B64,B67,B68,B71,B8,B81,B85,C22,C23,C25,C30,C37,C38,C4,C44,C65,C67,C77,C78,C87,D11,D4
`Chr6:5114369`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	92	A1,A10,A20,A21,A4,A9,B10,B110,B111,B112,B113,B119,B120,B121,B122,B123,B127,B128,B13,B132,B133,B134,B135,B136,B14,B16,B2,B21,B24,B28,B3,B4,B40,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B50,B53,B54,B56,B57,B58,B59,B6,B7,B74,B75,B78,B79,B80,B82,B83,B85,B86,B87,B88,B9,B95,B96,C10,C13,C14,C2,C29,C32,C34,C35,C38,C39,C48,C50,C54,C59,C60,C61,C67,C68,C7,C72,C73,C74,C76,C78,C81,C82,C83,D2,D6,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767895.1

171 aa

171

zf-RING_11

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

PF17123 zf-RING_11 119-148 aa PF13923 zf-C3HC4_2 119-161 aa PF13639 zf-RING_2 119-162 aa PF13445 zf-RING_UBOX 120-159 aa PF00097 zf-C3HC4 120-161 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767895.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	119	148	3.6e-08	33.7	RING-like zinc finger
`XP_057767895.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	119	161	2.1e-08	34.6	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057767895.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	119	162	8.7e-11	42.6	Ring finger domain
`XP_057767895.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	120	159	3.1e-06	27.8	RING-type zinc-finger
`XP_057767895.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	120	161	7e-06	26.5	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911912.1
TTTAAAAGGTGGGATTGGATATATTGTATTAATTACAACAAAAAATTTCAATCGACTTCTGTATCAAGCATGATCTGGCCCTATCGAAGTTTTTAGTGATTCCCTTTTGGCGGTTCAGAGTCCCTTAACAACAATCTTGTAGAAGCATGCTCGTAGGAAAGCTAATATTGCGGCTCATAGTCTCGTAAATTTTGCTATTTTATTTCAAAATGTAACGATCCAAAAGTTGGATTTCCTATCCTAGCTCCTGGATATTGTAG...

XM_057911913.1
AAAAAATTTCAATCGACTTCTGTATCAAGCATGATCTGGCCCTATCGAAGTTTTTAGTGATTCCCTTTTGGCGGTTCAGAGTCCCTTAACAACAATCTTGTAGAAGCATGCTCGTAGGAAAGCTAATATTGCGGCTCATAGTCTCGTAAATTTTGCTATTTTATTTCAAAATGTAACGATCCAAAAGTTGGATTTCCTATCCTAGCTCCTGGATATTGTAGATGTCGATTTGATGTAATATACATAGCCATTTCTTTTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130988139
ATGGCCGGTATGCTGCCGGGAGTTGAAGCTGCAAGAAGAAGAAGATTCCACCAGAAAAGCAACCACGCCGAACCATCTCCGGCCGTATCCGGCTGCACGCGGCGATCATCTCTCTGTTTATACGTCAGCAGCCATGACTTCCACCTCTGCAGCTCAGCGTCTTCCACGAGGAGCCAAATAGTGTGTGACGAGAGCCGGCTTGGCGCGGAGGCGAGAGAAGCCAAGAAGCGATTGGACGAGAGGCTGCAGGCGCAGTGGCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057767895.1
MAGMLPGVEAARRRRFHQKSNHAEPSPAVSGCTRRSSLCLYVSSHDFHLCSSASSTRSQIVCDESRLGAEAREAKKRLDERLQAQWRSETTREVEKVKKSGSKRLKWLKLRRRSSEEEECAVCLDQINGDPETLMQLRCGHRFHTLCLLPWLEANAHCPCCRMQIPSPTLL

XP_057767896.1
MAGMLPGVEAARRRRFHQKSNHAEPSPAVSGCTRRSSLCLYVSSHDFHLCSSASSTRSQIVCDESRLGAEAREAKKRLDERLQAQWRSETTRIPFPAACSDLSLSWETYFFISPPFLTKIAPAPRFSKCANFNHFFLYKRLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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