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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000602

染色体: Chr06 坐标: 5208694-5209769 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000602
名称SmilChr06G000602
描述uncharacterized SmilChr06G000602
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向5208694 - 5209769 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988150
GeneID130988150
locus_tag-
NCBI NameLOC130988150
原始查询SmilChr06G000602

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs02g0328500
-
identity=38.9; qcov=0.457; evalue=1.49e-26; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF12776 (Myb_DNA-bind_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988150

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767907.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767907.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767907.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767907.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057767907.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:5208796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C32,C68
Chr6:5208822 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B77,C19
Chr6:5208830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B55,C23
Chr6:5208836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr6:5208869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C32,C68
Chr6:5208961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,C35,C47,C82
Chr6:5208971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B53
Chr6:5208978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B48,B98,C35,C61
Chr6:5209002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C80
Chr6:5209025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B53
Chr6:5209045 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C32,C68
Chr6:5209068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,C19,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767907.1
276 aa
N
1
138
276
Myb_DNA-bind_3
C
PF12776 Myb_DNA-bind_3 3-84 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767907.1 Pfam PF12776 Myb_DNA-bind_3 Domain 3 84 1.9e-05 26.2 Myb/SANT-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911924.1
TGGTGGTCGAATAAACAAGACCGACAAGACCCGACGTAGTTGGTCGGTTCGAGAGGAGGAGGTTTTGTTGGCTGCTATGAAAGAGTTGGTTGCGCAAGGCTGGAAATCGGATAATGGTTTTCGCGCCGGATATTTGAGTAAGTTGGAGGAAGCGATGAAGAAGGAATTCCCAAATACGGATTTGAAGGGAATGCCTCACATAAATTCCAGAATCACAATATGGAAGAAGAATTACTCTTCGCTATCGGGAATGCTAGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988150
ATGAAAGAGTTGGTTGCGCAAGGCTGGAAATCGGATAATGGTTTTCGCGCCGGATATTTGAGTAAGTTGGAGGAAGCGATGAAGAAGGAATTCCCAAATACGGATTTGAAGGGAATGCCTCACATAAATTCCAGAATCACAATATGGAAGAAGAATTACTCTTCGCTATCGGGAATGCTAGGGAAAAGTGGATTTGGCTTCAACTTGAATGGGAAACACATGATCGATTGTACCGATGAACAATGGGAGGAAATTATGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767907.1
MKELVAQGWKSDNGFRAGYLSKLEEAMKKEFPNTDLKGMPHINSRITIWKKNYSSLSGMLGKSGFGFNLNGKHMIDCTDEQWEEIMRRDNNARNMRKKSWPYLDDWSEIFGKDRATGDGAEDIMEAAHEMYRNIDLTEPHVDGDYHVTLDDMYETTDAADSVSQSFKPAPEVRAPARKRKRDDGVDKMYAALSEITSMTGEHLNTIASRMGYDFDISKARKEVFAQLGSIPGLTLTDKFEITDLLAKEVERLDVFTSLPD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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