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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000603

染色体: Chr06 坐标: 5210487-5211606 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000603
名称SmilChr06G000603
描述uncharacterized SmilChr06G000603
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向5210487 - 5211606 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988151
GeneID130988151
locus_tag-
NCBI NameLOC130988151
原始查询SmilChr06G000603

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine-rich protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830977]; symbol=AT5G11090; hit=AT5G11090; species=arabidopsis; confidence=medium
产物serine-rich protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830977]; symbol=AT5G11090; hit=AT5G11090; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G11090 (AT5G11090)
serine-rich protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830977]
identity=47.2; qcov=1.05; evalue=3.3e-38; confidence=medium
RiceOs08g0167249
-
identity=57.8; qcov=0.405; evalue=5.17e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767908.1
2 Cytoskeleton 细胞骨架 0.40000 XP_057767908.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767908.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767908.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767908.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:5210793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B57,C21
Chr6:5210970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B101,B12,B2
Chr6:5210979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:5211034 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B86
Chr6:5211034 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B86
Chr6:5211207 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B2,B46,C8
Chr6:5211258 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:5211285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B57,C21,D11
Chr6:5211289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911925.1
AAAGCTACACCAAACACGCCCTTAGTTTAATTTAATTACAAAAAAGCGTTCAACCATATTTTCGTTTTTCTAGAATGAGGGGCCACAAATGCAATATAAAGTAAAATATGGGCTGCGAAAAAAATCAGAAATACCAAACAAACAGCCCCGGCCCCTCGGAAACCACCACCGCCTTTTTCCACCACTATAAATACATTGCACTCGTATAGTCCGGTTTGCCAAAATCACTACTCAAAATCCTCTCTCTACACATTCCAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988151
ATGGCGGCTGCAGCTCGTAAATCATGCGGACCGGTCATCCGGTCCATTTCCCCTTCCTCAACATTGAACCGCCACTTCTCCGCCCAATCGCCGCCGCGCAACTCTTCTTCCTTCGCTTCCGCCTCCACCTCTGCCTACACCTCGTCACGCTCCTTCCGCAGACCGGCCTCCCCCACCCGCGTGAACCTCTACAACTACGCTACTCCTTCGATCAGCTTCTCCCTGGACCGGTCCGGTTCTCGGAACCAGACTGTCTCATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767908.1
MAAAARKSCGPVIRSISPSSTLNRHFSAQSPPRNSSSFASASTSAYTSSRSFRRPASPTRVNLYNYATPSISFSLDRSGSRNQTVSCSSRSAKPPAGAAPHRRTCMCSPTNHPGSFRCSLHKAAGGGGVNGQVSNNSSRTPACGSSSRLILRRSAMKNSLVRIGTVEGDLVMRALAALIRPTSHHQRRRGEFRPRPSRLSTVSKT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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