Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000605`

染色体: Chr06 坐标: 5232307-5236909 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000605`
名称	SmilChr06G000605
描述	protein ALP1-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	5232307 - 5236909 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988155`
GeneID	`130988155`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988155`
原始查询	`SmilChr06G000605`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ALP1-like
产物	protein ALP1-like
Arabidopsis	`AT1G72275` (AT1G72275) LOW protein: nuclease-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717417] identity=39.7; qcov=1.01; evalue=6.5e-84; confidence=medium
Rice	`Os04g0644200` - identity=41.5; qcov=0.894; evalue=1.74e-76; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13359 (DDE_Tnp_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988155

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057767910.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767910.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767910.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057767910.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057767910.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:5233812`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,B69
`Chr6:5235140`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	29	A10,A16,A24,A5,A7,B100,B106,B112,B137,B3,B42,B43,B50,B52,B6,B64,B68,B73,B74,B80,C37,C4,C54,C67,C83,C87,D11,D4,D5
`Chr6:5235157`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,C43,C46,C74
`Chr6:5235655`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr6:5235839`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,C43,C46,C74
`Chr6:5235843`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,C85,D10
`Chr6:5235887`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:5235899`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B127
`Chr6:5235912`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B137,B34,C70
`Chr6:5235929`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B100,B137,B34,C70
`Chr6:5235948`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D11
`Chr6:5235948`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767910.1

463 aa

232

463

DDE_Tnp_4

PF13359 DDE_Tnp_4 252-391 aa

XP_057767911.1

452 aa

226

452

DDE_Tnp_4

PF13359 DDE_Tnp_4 252-391 aa

XP_057767913.1

451 aa

226

451

DDE_Tnp_4

PF13359 DDE_Tnp_4 252-391 aa

XP_057767914.1

442 aa

221

442

DDE_Tnp_4

PF13359 DDE_Tnp_4 252-391 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767910.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	252	391	2e-16	60.7	DDE superfamily endonuclease
`XP_057767911.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	252	391	1.9e-16	60.8	DDE superfamily endonuclease
`XP_057767913.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	252	391	1.9e-16	60.8	DDE superfamily endonuclease
`XP_057767914.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	252	391	1.8e-16	60.9	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA

XR_009089991.1
AATTAAAGTTTTTTGCATATTTGGTAAGGTTCTAAAAAGAAAAAAAATTGGTAAGCGGGCAGCTGCCCCAAACCGGCAAACCCGAAGAAGATCCAAGCGGGAAATTAAATCGCGCACCGCCACCGGCGATGACCATCGGCGGAGCCACCAAGAGGCGCCGCGGCCGACGGAAAGGCAATAGGAAGAGACTCAAAACCAAGCCCCAATCCAAGCTCCTCCACCCCCAATCCAGCCACCACAAACACCTCTCCACAGCGATC...

XR_009089990.1
AATTAAAGTTTTTTGCATATTTGGTAAGGTTCTAAAAAGAAAAAAAATTGGTAAGCGGGCAGCTGCCCCAAACCGGCAAACCCGAAGAAGATCCAAGCGGGAAATTAAATCGCGCACCGCCACCGGCGATGACCATCGGCGGAGCCACCAAGAGGCGCCGCGGCCGACGGAAAGGCAATAGGAAGAGACTCAAAACCAAGCCCCAATCCAAGCTCCTCCACCCCCAATCCAGCCACCACAAACACCTCTCCACAGCGATC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC130988155
ATGACCATCGGCGGAGCCACCAAGAGGCGCCGCGGCCGACGGAAAGGCAATAGGAAGAGACTCAAAACCAAGCCCCAATCCAAGCTCCTCCACCCCCAATCCAGCCACCACAAACACCTCTCCACAGCGATCTCCACGCTCATCTCCGCCACCTCCGCCACCCGCTCCTTCCTCCTCCGCCACGACCTCCACCTCCTGCCCTCCCAAACCCTAGCCCTAGAATCACTTCTCTCCTCCACCTCTCGCTCTCTCTTCCACCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057767910.1
MTIGGATKRRRGRRKGNRKRLKTKPQSKLLHPQSSHHKHLSTAISTLISATSATRSFLLRHDLHLLPSQTLALESLLSSTSRSLFHLLSLVSIPAPPSPTPPLSPPPQQNWFDRFMATSPDYDPRWVQFFNLSKPSFTLLLRLLTPSLTSSLHPLLPNAALAATLFRLSHSASFSAVSRRFSLDSRTACTAFYSVCRAIVENLGHLFEFNSDINRIIVGFGWISLPNCCGVLGVEKFELESDLIGENRRLLVQALVDSEG...

XP_057767911.1
MTIGGATKRRRGRRKGNRKRLKTKPQSKLLHPQSSHHKHLSTAISTLISATSATRSFLLRHDLHLLPSQTLALESLLSSTSRSLFHLLSLVSIPAPPSPTPPLSPPPQQNWFDRFMATSPDYDPRWVQFFNLSKPSFTLLLRLLTPSLTSSLHPLLPNAALAATLFRLSHSASFSAVSRRFSLDSRTACTAFYSVCRAIVENLGHLFEFNSDINRIIVGFGWISLPNCCGVLGVEKFELESDLIGENRRLLVQALVDSEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器