Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000606`

染色体: Chr06 坐标: 5237059-5239973 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000606`
名称	SmilChr06G000606
描述	uncharacterized SmilChr06G000606
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	5237059 - 5239973 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988156`
GeneID	`130988156`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988156`
原始查询	`SmilChr06G000606`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832136]; symbol=HBP5; hit=AT5G20140; species=arabidopsis; confidence=high
产物	SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832136]; symbol=HBP5; hit=AT5G20140; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G20140` (HBP5) SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832136] identity=69.9; qcov=0.931; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0597900` - identity=70.8; qcov=0.811; evalue=1.13e-166; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04832 (SOUL); PF10184 (DUF2358)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988156

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057767915.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.40000	`XP_057767915.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057767915.1`
4	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.40000	`XP_057767915.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767915.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:5237405`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C21
`Chr6:5237591`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr6:5237597`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,B103,B120
`Chr6:5237600`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr6:5237633`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,B2,B46
`Chr6:5237636`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr6:5237682`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr6:5238596`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	15	A1,A24,B101,B12,B130,B14,B17,B2,B34,B63,B7,C29,C32,C68,D11
`Chr6:5238876`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B127,B18,D8
`Chr6:5238990`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	21	B109,B131,B133,B139,B24,B33,B49,B65,B70,B72,B73,B76,B82,B85,B98,C1,C13,C16,C24,C34,C68
`Chr6:5239119`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B118,B131,B98
`Chr6:5239298`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767915.1

392 aa

196

392

DUF2358

SOUL

PF10184 DUF2358 78-187 aa PF04832 SOUL 220-384 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767915.1`	Pfam	`PF10184`	DUF2358	Domain	78	187	9.6e-29	100.6	Uncharacterized conserved protein (DUF2358)
`XP_057767915.1`	Pfam	`PF04832`	SOUL	Family	220	384	9e-41	140.5	SOUL heme-binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911932.1
CCAATTTAAAAATAGCATTATAAATTACGAGTCATACAGTGCATTATGAATTTTCAAGACGAATTACATATATAAATTATTCATAGAAACATACAAGAAGATATGGGTGCATGTTGTTGGTTTTGTATTATTTTCTTTTTCATGTTGTTAGTTTAGAAGAAGCACAGCCGCAGAATAAAAAAAAATCCTCCAAATATTAATCAATCAACAACCAAAAACTACCTTTGCAACCACAAATGGCCGTCTCACACTTCCCCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988156
ATGGCCGTCTCACACTTCCCCGCCACCGTTCCACGGTCTACCACACGGCGGTGCGCCGCCAACTTTCATTCGCTTCCGACCACCACCGCCTCCTTTTTCCCCGCAGCACGGAAGCAGAAAAGCAATAGCTTTGTGCCGCTGAGAACCACTGAGCAAGTGAAGTCTTTGAAGTGGGTGAGAAGCGTCGCCCAAGAACAACTCCCGCCAAAACCCGAGACCTTGGACGTGCAGCGGTTGGTTGATTTCCTGTACGAGGACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767915.1
MAVSHFPATVPRSTTRRCAANFHSLPTTTASFFPAARKQKSNSFVPLRTTEQVKSLKWVRSVAQEQLPPKPETLDVQRLVDFLYEDLPHLFDDQGIDPTAYDERVKFRDPITKHDTISGYLFNIAMLRKLFSPNFQLHWVKQTGPYEITTRWTMVMKFVLLPWKPELVFTGTSVMGINPQNMKFCSHVDYWDSIKNNDYFSIEGLVDVAKQLWIYKTPDLETPRYQILKRTANYEVRKYDPFIVVETSGDKLSGSTGFNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器