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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000617

染色体: Chr06 坐标: 5368479-5370665 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000617
名称SmilChr06G000617
描述uncharacterized SmilChr06G000617
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向5368479 - 5370665 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988169
GeneID130988169
locus_tag-
NCBI NameLOC130988169
原始查询SmilChr06G000617

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os09g0556800; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os09g0556800; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs09g0556800
-
identity=40.8; qcov=1.05; evalue=2.69e-77; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988169

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057767933.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057767933.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057767933.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057767933.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767933.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:5368782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr6:5368802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B134,B87,C38,D9
Chr6:5368839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C81
Chr6:5369425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr6:5369445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B104,C71,D6
Chr6:5369564 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:5369610 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B32,B35,B99
Chr6:5369674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr6:5369698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr6:5369704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B32,B35,B99
Chr6:5369827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B69
Chr6:5369866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B32,B35,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911950.1
GTTCTGCTCAAAATCAAAAGTTTAAAACCCCAACGGCTAGTCCCAACTAACCGTTTCACACCCATAATTCAAAACCTTTCTTTCAGCTAAGAGTTTAAAGAAACAAAAGCTACTTCTTCTTCTTCTTCCTATTATACATCGTCTGTAAAATCAGATTGTGAAAATCCCATAAATCCAGAAAATTATTTACACGAAAATGGTTTACACATACACTCCCACATACTACACCTCACTGCAAGACTCCATCACTTCGATTTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988169
ATGGTTTACACATACACTCCCACATACTACACCTCACTGCAAGACTCCATCACTTCGATTTGCAAGACAATCCTCCCCTTCCCCTTCAAGAAGAGGCGGCATCCGGCGATCGCGGCAGCCGAGCAACGCCTGTCAAAGCAGCAGTCCGATAATCTCAAGTGGCAGCAGGATTCATTCCACCAGATACTCAATTTGTTGGGACTTTGTAAAGAAGGCATTGTTCCTGCAAATGAGGTCTCTGCTTTTAGAACACACCTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767933.1
MVYTYTPTYYTSLQDSITSICKTILPFPFKKRRHPAIAAAEQRLSKQQSDNLKWQQDSFHQILNLLGLCKEGIVPANEVSAFRTHLLETLIASPADHEPPSILRDKLIFLQELLYAKCISEEEYHASKRPLLQRLAVQGAEIEARNVIAGVVHKDTSNDEWSEIDLKDDKCSANQQVISTSKGSLRVKRIKGAASVIGFASRDRNAGGSKSHEREDGFKSILMEESPPSPACVVAVERKKASLRAALNEEAEDKEKVRLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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