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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000633

染色体: Chr06 坐标: 5595075-5595936 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000633
名称SmilChr06G000633
描述abscisic acid 8'-hydroxylase 1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向5595075 - 5595936 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990396
GeneID130990396
locus_tag-
NCBI NameLOC130990396
原始查询SmilChr06G000633

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述abscisic acid 8'-hydroxylase 1-like
产物abscisic acid 8'-hydroxylase 1-like
ArabidopsisAT4G19230 (CYP707A1)
cytochrome P450, family 707, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827663]
identity=30.2; qcov=0.744; evalue=9.64e-23; confidence=low
RiceOs02g0703600 (OsABA8OX1)
-
identity=29.7; qcov=0.727; evalue=8.52e-23; confidence=low
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0007275 (multicellular organism development); GO:0010268 (brassinosteroid homeostasis); GO:0016125 (sterol metabolic process); GO:0016132 (brassinosteroid biosynthetic process); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990396

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057770619.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057770619.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770619.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770619.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770619.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:5595087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,C11,C69,D6
Chr6:5595090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,B63
Chr6:5595092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B54,B92,C15,C3
Chr6:5595145 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:5595389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr6:5595608 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr6:5595751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr6:5595846 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B63,B95,C4
Chr6:5595849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C11,C69
Chr6:5595870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr6:5595909 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 5 B122,B31,C11,C69,D6
Chr6:5595909 ATC A 2bp_deletion CDS_variant 5 B122,B31,C11,C69,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770619.1
227 aa
N
1
114
227
p450
C
PF00067 p450 31-193 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770619.1 Pfam PF00067 p450 Domain 31 193 8.6e-10 38.7 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914636.1
GTGTTTCTCTCAGCTCAGAGAGAGAGATGTTGACAATAGTAGCGCTCGTCTTAATTTTCCTTCTCTCAGTTTTCTTGCTGCAAAAACGCAGTGCTCCCAAGGCAACGGACAACATCCCGGGGACTTTGGGATGGCCCATTGTCGGGGAGAGCTTCTCGTTCCTCGCCACCTTCTCAAGCCCGGCCGGCATCTTCAGCTTCATGCAAGAGAGACAGAAAAGGTACGGCAAGGTGTTCAAGAGTTATGTGTTGGGGAGATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990396
ATGTTGACAATAGTAGCGCTCGTCTTAATTTTCCTTCTCTCAGTTTTCTTGCTGCAAAAACGCAGTGCTCCCAAGGCAACGGACAACATCCCGGGGACTTTGGGATGGCCCATTGTCGGGGAGAGCTTCTCGTTCCTCGCCACCTTCTCAAGCCCGGCCGGCATCTTCAGCTTCATGCAAGAGAGACAGAAAAGGTACGGCAAGGTGTTCAAGAGTTATGTGTTGGGGAGATATACCGTGTTCATGACGGGGAGAGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770619.1
MLTIVALVLIFLLSVFLLQKRSAPKATDNIPGTLGWPIVGESFSFLATFSSPAGIFSFMQERQKRYGKVFKSYVLGRYTVFMTGREASKILLTGKDGLVSLNLFYTGKQVLGPTSLLTQSGEMHKRLRRLIGEPLSMDALRKYFPFINALAVETLDHWSNQKVLVLEEASTFTLKVIGHMIMSLEPTGEEQEKFLAVVTTPSLVAEVVVEEAGATTAAVVAVAAAPN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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