Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000653`

染色体: Chr06 坐标: 5757513-5758815 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000653`
名称	SmilChr06G000653
描述	chalcone--flavanone isomerase-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	5757513 - 5758815 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988198`
GeneID	`130988198`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988198`
原始查询	`SmilChr06G000653`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chalcone--flavanone isomerase-like
产物	chalcone--flavanone isomerase-like
Arabidopsis	`AT3G55120` (TT5) Chalcone-flavanone isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824678] identity=61.7; qcov=0.951; evalue=2.39e-94; confidence=high
Rice	`Os03g0819600` (gh1) - identity=61.1; qcov=0.96; evalue=1.01e-93; confidence=high
GO	GO:0009813 (flavonoid biosynthetic process); GO:0045430 (chalcone isomerase activity)
KEGG	smil00941 (Flavonoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02431 (Chalcone)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988198

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057767961.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057767961.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767961.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767961.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767961.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:5757942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr6:5757963`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C35,C64,C66
`Chr6:5757977`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B107
`Chr6:5757977`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B107
`Chr6:5757987`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr6:5757988`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,D6
`Chr6:5758086`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	B101,B16,B83,C35,C59,C64,C66,C81,D7
`Chr6:5758127`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,C2,C32,C68
`Chr6:5758131`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,C84
`Chr6:5758191`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr6:5758226`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr6:5758331`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767961.1

225 aa

112

225

Chalcone

PF02431 Chalcone 13-214 aa

XP_057767962.1

225 aa

112

225

Chalcone

PF02431 Chalcone 13-214 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767961.1`	Pfam	`PF02431`	Chalcone	Domain	13	214	7.3e-92	307.1	Chalcone-flavanone isomerase
`XP_057767962.1`	Pfam	`PF02431`	Chalcone	Domain	13	214	7.3e-92	307.1	Chalcone-flavanone isomerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911978.1
TAATATCAATATCTAATTAACTTTATTTGAAGCACTTTGTAACAACGGATCATTAGTTAGGTTATTAGGTCACTAATTCGAGGTAAGTGCAATTGAATCGTAAGAAGGATAAGGATTATGAAAATTAGTGGTACCAGTGAATAATTATGATGTAGAATCAAATCTTTCTGATAATTGAACAAATGCTTATTTCCACCAAAGTATTTAATTGGTTGAATATATTCATGAATGAACAGGGTTGGTAGGTAAAACTCGTGGTG...

XM_057911979.1
TAATATCAATATCTAATTAACTTTATTTGAAGCACTTTGTAACAACGGATCATTAGTTAGGTTATTAGGTCACTAATTCGAGGTAAGTGCAATTGAATCGTAAGAAGGATAAGGATTATGAAAATTAGTGGTACCAGTGAATAATTATGATGTAGAATCAAATCTTTCTGATAATTGAACAAATGCTTATTTCCACCAAAGTATTTAATTGGTTGAATATATTCATGAATGAACAGGGTTGGTAGGTAAAACTCGTGGTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130988198
ATGTCTGCAACGCCAACCGTCGCACAACTCCAAGGGGAATCCGTGGTATTCCCACCCACAGCGAAGCCACCGGGCTCCGACAAGACGTTATTCCTCGGCAGCGCAGGGGTGCGAGGGATGGAGATCAAAGGGAACTTCGTCAAATTCACAGCCATCGCCGTCTACATGGAGGGCACCTCCATCCCCGCGCTCGCCCCTAAGTGGAGCGCCAAAACTGCCGATGAACTGGCCGATTCCACCGACTTCATCCGCGAAATCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057767961.1
MSATPTVAQLQGESVVFPPTAKPPGSDKTLFLGSAGVRGMEIKGNFVKFTAIAVYMEGTSIPALAPKWSAKTADELADSTDFIREIIAGPFEKLTKVTMILPPTGQQYSEKVAENCTAYWKAVGKYTDAEGKAVEEFLQVFKDESFSPGASILFTQSPAGSLTIAFSKDGSIPEQGKAMIENKLLAEAILESIIGKQGVSPTARQSLAARVSELLKQTSLAAEAK

XP_057767962.1
MSATPTVAQLQGESVVFPPTAKPPGSDKTLFLGSAGVRGMEIKGNFVKFTAIAVYMEGTSIPALAPKWSAKTADELADSTDFIREIIAGPFEKLTKVTMILPPTGQQYSEKVAENCTAYWKAVGKYTDAEGKAVEEFLQVFKDESFSPGASILFTQSPAGSLTIAFSKDGSIPEQGKAMIENKLLAEAILESIIGKQGVSPTARQSLAARVSELLKQTSLAAEAK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器