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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000657

染色体: Chr06 坐标: 5771275-5774826 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000657
名称SmilChr06G000657
描述kinesin-like protein KIN-13B
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向5771275 - 5774826 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988201
GeneID130988201
locus_tag-
NCBI NameLOC130988201
原始查询SmilChr06G000657

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-13B
产物kinesin-like protein KIN-13B
ArabidopsisAT3G16060 (AT3G16060)
ATP binding microtubule motor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820851]
identity=87; qcov=0.806; evalue=1.44e-63; confidence=high
RiceOs05g0154700 (SRS3)
-
identity=76.5; qcov=0.858; evalue=1.15e-56; confidence=high
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF00225 (Kinesin); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988201

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057767965.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057767966.1
3 Cell projection 细胞突起 0.40000 XP_057767969.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057767963.1
5 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057767963.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:5771939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr6:5772000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr6:5772475 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B60
Chr6:5772514 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B131,D11
Chr6:5772514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767963.1
154 aa
N
1
77
154
Kinesin
Microtub_bd
C
PF00225 Kinesin 49-153 aa PF16796 Microtub_bd 52-150 aa
XP_057767964.1
154 aa
N
1
77
154
Kinesin
Microtub_bd
C
PF00225 Kinesin 49-153 aa PF16796 Microtub_bd 52-150 aa
XP_057767965.1
150 aa
N
1
75
150
Kinesin
Microtub_bd
C
PF00225 Kinesin 40-149 aa PF16796 Microtub_bd 42-146 aa
XP_057767966.1
137 aa
N
1
68
137
Kinesin
Microtub_bd
C
PF00225 Kinesin 26-136 aa PF16796 Microtub_bd 29-133 aa
XP_057767967.1
137 aa
N
1
68
137
Kinesin
Microtub_bd
C
PF00225 Kinesin 26-136 aa PF16796 Microtub_bd 29-133 aa
XP_057767968.1
137 aa
N
1
68
137
Kinesin
Microtub_bd
C
PF00225 Kinesin 26-136 aa PF16796 Microtub_bd 29-133 aa
XP_057767969.1
134 aa
N
1
67
134
Kinesin
Microtub_bd
C
PF00225 Kinesin 24-133 aa PF16796 Microtub_bd 27-130 aa
XP_057767970.1
134 aa
N
1
67
134
Kinesin
Microtub_bd
C
PF00225 Kinesin 24-133 aa PF16796 Microtub_bd 27-130 aa
XP_057767972.1
134 aa
N
1
67
134
Kinesin
Microtub_bd
C
PF00225 Kinesin 24-133 aa PF16796 Microtub_bd 27-130 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767963.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 49 153 7.2e-28 98.2 Kinesin motor domain
XP_057767963.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 52 150 1.8e-14 54.6 Microtubule binding
XP_057767964.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 49 153 7.2e-28 98.2 Kinesin motor domain
XP_057767964.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 52 150 1.8e-14 54.6 Microtubule binding
XP_057767965.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 40 149 2.9e-28 99.5 Kinesin motor domain
XP_057767965.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 42 146 7.8e-15 55.8 Microtubule binding
XP_057767966.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 26 136 2e-28 100.0 Kinesin motor domain
XP_057767966.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 29 133 5.6e-15 56.3 Microtubule binding
XP_057767967.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 26 136 2e-28 100.0 Kinesin motor domain
XP_057767967.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 29 133 5.6e-15 56.3 Microtubule binding
XP_057767968.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 26 136 2e-28 100.0 Kinesin motor domain
XP_057767968.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 29 133 5.6e-15 56.3 Microtubule binding
XP_057767969.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 24 133 2e-28 100.0 Kinesin motor domain
XP_057767969.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 27 130 6e-15 56.2 Microtubule binding
XP_057767970.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 24 133 2e-28 100.0 Kinesin motor domain
XP_057767970.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 27 130 6e-15 56.2 Microtubule binding
XP_057767972.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 24 133 2e-28 100.0 Kinesin motor domain
XP_057767972.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 27 130 6e-15 56.2 Microtubule binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

13 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090009.1
AAACAAAAGAAAAAAGAAAAAGATTTCGGTTCCTAAAATTTGAAAATATTATCAGCCCTAACCTTCGCCTCCCCCCAAATCCGAGTCCGCCGCGCCTTCCCCGAGTCCGCCGCGCCCCCGATCTACCGCGCCTTCATCCAGCTCCCCCAGTCCATCGCGCCCTCGGTCTGCCTCCGTCTGCCCCAAAATCAGCGTATAATTCCCCACCTAACCAAACCCTAACACTCTCTTTCTCTCTTGTCCGCCACTCCACTACTCCA...
XR_009090007.1
GTTCCTAAAATTTGAAAATATTATCAGCCCTAACCTTCGCCTCCCCCCAAATCCGAGTCCGCCGCGCCTTCCCCGAGTCCGCCGCGCCCCCGATCTACCGCGCCTTCATCCAGCTCCCCCAGTCCATCGCGCCCTCGGTCTGCCTCCGTCTGCCCCAAAATCAGCGTATAATTCCCCACCTAACCAAACCCTAACACTCTCTTTCTCTCTTGTCCGCCACTCCACTACTCCAGTCTGTCGTGCCCTGGTCTTCTGCGCCT...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC130988201
ATGCAATGCTTGAGCAGGTTCCTACAGGATAAGCTCAGATTAACTGGCTGGTATAAGTTTGATGATGAACGAGTGACAAAAGAAGATATGAAAAAGGCATTAGATGAGCTGTATGGTGGTGAAGAAGAAGTTGACCTAACAGAATATTTGGAGAAACATGAATTTGTATTTGATGCTGTACTAAACGAAGAAGTGTCAAATGATGAGGTATATCATGAAACTGTAGAGCCTATCATTCCCATAATTTTCCAACGTACGAA...
LOC130988201
ATGCAATGCTTGAGCAGGTTCCTACAGGATGTAAGGAATTCCTGTTTTATGATTCATAATATTATTTCTTTATTAACCCAAATGGTAGGATGGTCATGGAGGACATATATTTTGTATGCAGAAGCTCAGATTAACTGGCTGGTTGACCTAACAGAATATTTGGAGAAACATGAATTTGTATTTGATGCTGTACTAAACGAAGAAGTGTCAAATGATGAGGTATATCATGAAACTGTAGAGCCTATCATTCCCATAATTTT...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057767963.1
MQCLSRFLQDVRNSCFMIHNIISLLTQMVGWSWRTYILYAEAQINWLVDLTEYLEKHEFVFDAVLNEEVSNDEVYHETVEPIIPIIFQRTKATCFAYGQTGSGKTYTMKPLPLRAVRDILRLIHHTYRNQGFQLFVSFFEIYGGKLFDLLSDRK
XP_057767964.1
MQCLSRFLQDVRNSCFMIHNIISLLTQMVGWSWRTYILYAEAQINWLVDLTEYLEKHEFVFDAVLNEEVSNDEVYHETVEPIIPIIFQRTKATCFAYGQTGSGKTYTMKPLPLRAVRDILRLIHHTYRNQGFQLFVSFFEIYGGKLFDLLSDRK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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