Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000681`

染色体: Chr06 坐标: 6029762-6034777 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000681`
名称	SmilChr06G000681
描述	bifunctional purple acid phosphatase 26-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	6029762 - 6034777 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988228`
GeneID	`130988228`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988228`
原始查询	`SmilChr06G000681`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	bifunctional purple acid phosphatase 26-like
产物	bifunctional purple acid phosphatase 26-like
Arabidopsis	`AT5G34850` (PAP26) purple acid phosphatase 26 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833406] identity=73.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0643900` (OsPAP26) - identity=72.2; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003993 (acid phosphatase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00149 (Metallophos); PF14008 (Metallophos_C); PF16656 (Pur_ac_phosph_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988228

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057767995.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057767996.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767995.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767995.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767995.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:6031155`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B62,B7
`Chr6:6031947`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B62,B7
`Chr6:6032683`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B70,B71,C62,C83
`Chr6:6032744`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr6:6032786`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767995.1

480 aa

240

480

Pur_ac_phosph_N

Metallophos

Metallophos_C

PF16656 Pur_ac_phosph_N 73-164 aa PF00149 Metallophos 175-372 aa PF14008 Metallophos_C 395-453 aa

XP_057767996.1

460 aa

230

460

Pur_ac_phosph_N

Metallophos

Metallophos_C

PF16656 Pur_ac_phosph_N 53-144 aa PF00149 Metallophos 155-352 aa PF14008 Metallophos_C 375-433 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767995.1`	Pfam	`PF16656`	Pur_ac_phosph_N	Domain	73	164	3.7e-24	85.8	Purple acid Phosphatase, N-terminal domain
`XP_057767995.1`	Pfam	`PF00149`	Metallophos	Domain	175	372	2.1e-20	74.7	Calcineurin-like phosphoesterase
`XP_057767995.1`	Pfam	`PF14008`	Metallophos_C	Domain	395	453	4.2e-20	72.9	Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C
`XP_057767996.1`	Pfam	`PF16656`	Pur_ac_phosph_N	Domain	53	144	3.4e-24	86.0	Purple acid Phosphatase, N-terminal domain
`XP_057767996.1`	Pfam	`PF00149`	Metallophos	Domain	155	352	1.9e-20	74.9	Calcineurin-like phosphoesterase
`XP_057767996.1`	Pfam	`PF14008`	Metallophos_C	Domain	375	433	3.9e-20	73.0	Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912013.1
AAAAAAAAATGGACACAAAAATCGGCGGCCTTCGAGTGTAGATTCTGACTGAAGATGGGCAGACATTTCTCCCCGTCCGCTACACCAATGGCGACGCGACAAGTGTCCAGCTCCCCCCCTCCCTGCCCCCGCCTCATTCGAGCCTCCGCTTCCGTCAAGCCTAGTTCTAACATGCGCCTGGTCACATCGCCTACCAAACCTGCGCCTTTTTCAAATATACACTCTCTCTAATTCAAAGCAAACACTGCCTTCGCGTGCAA...

XM_057912012.1
ATGCTGCATTCTTCTTCACTGTGTGTATTTATTCACACAATACCTGCGTGCGATCAGAGAAGTTCTGTTCAGTTCTGTTCTGTAGTGAGATCAATTCTGTGTTAATGTTAATGAGTAATGGATGCATCTTGTGATGAGCGTGTGCGGTTGCAATTTTATTTTCAGGGGAAAGAGTCGATGGTGATTAAACTGCTGCTTTTGTCATCTCTTTTGTTGACCAGCATAAGCAGTGGGCGTGCTGGTCTGACCAGTGCCTTTAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130988228
ATGGATGCATCTTGTGATGAGCGTGTGCGGTTGCAATTTTATTTTCAGGGGAAAGAGTCGATGGTGATTAAACTGCTGCTTTTGTCATCTCTTTTGTTGACCAGCATAAGCAGTGGGCGTGCTGGTCTGACCAGTGCCTTTATCCGTAATGAGTGGCCATCTATCGATATTCCTCTCAACAATGAAGTTTTTGCAGTTCCCAAAGGTTACAATGCTCCACACCAAGTGCACATTACACAGGGTGACTATGATGGCAAAGC...

LOC130988228
ATGGTGATTAAACTGCTGCTTTTGTCATCTCTTTTGTTGACCAGCATAAGCAGTGGGCGTGCTGGTCTGACCAGTGCCTTTATCCGTAATGAGTGGCCATCTATCGATATTCCTCTCAACAATGAAGTTTTTGCAGTTCCCAAAGGTTACAATGCTCCACACCAAGTGCACATTACACAGGGTGACTATGATGGCAAAGCTGTTATAATCACATGGGTAACAGCTAATGAACCTGGGTCCAACATAGTTCGATATGGCTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057767995.1
MDASCDERVRLQFYFQGKESMVIKLLLLSSLLLTSISSGRAGLTSAFIRNEWPSIDIPLNNEVFAVPKGYNAPHQVHITQGDYDGKAVIITWVTANEPGSNIVRYGLTEGKYDFTAKGTVQNYTFYNYKSGYIHQCLVDGLQYNTKYYYEVGSGETSRNFSFQTPPAIDPNSSYKFGIIGDLGQTYNSLSTLEHCMQTGAQTILFVGDLSYADRYDNHDIGVRWDSWGQFVERSAAYHPWIWSTGNHEIEYFPHLGEVIP...

XP_057767996.1
MVIKLLLLSSLLLTSISSGRAGLTSAFIRNEWPSIDIPLNNEVFAVPKGYNAPHQVHITQGDYDGKAVIITWVTANEPGSNIVRYGLTEGKYDFTAKGTVQNYTFYNYKSGYIHQCLVDGLQYNTKYYYEVGSGETSRNFSFQTPPAIDPNSSYKFGIIGDLGQTYNSLSTLEHCMQTGAQTILFVGDLSYADRYDNHDIGVRWDSWGQFVERSAAYHPWIWSTGNHEIEYFPHLGEVIPFKNYLHRYPTPFSASKSSSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器