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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000683

染色体: Chr06 坐标: 6045857-6050435 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000683
名称SmilChr06G000683
描述calmodulin-binding receptor-like cytoplasmic kinase 3
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6045857 - 6050435 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988230
GeneID130988230
locus_tag-
NCBI NameLOC130988230
原始查询SmilChr06G000683

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calmodulin-binding receptor-like cytoplasmic kinase 3
产物calmodulin-binding receptor-like cytoplasmic kinase 3
ArabidopsisAT2G11520 (CRCK3)
calmodulin-binding receptor-like cytoplasmic kinase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815625]
identity=58.7; qcov=0.905; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0123300 (OsRLCK259)
-
identity=54; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988230

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057767999.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767999.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767999.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767999.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767999.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6046292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B44
Chr6:6046385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr6:6046589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr6:6046609 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr6:6047829 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B101
Chr6:6048764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C49,C9
Chr6:6049141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C83
Chr6:6049152 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,B69
Chr6:6049212 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B63,B77,B83
Chr6:6049264 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767999.1
516 aa
N
1
258
516
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 234-438 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 235-500 aa
XP_057768000.1
516 aa
N
1
258
516
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 234-438 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 235-500 aa
XP_057768001.1
516 aa
N
1
258
516
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 234-438 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 235-500 aa
XP_057768002.1
516 aa
N
1
258
516
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 234-438 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 235-500 aa
XP_057768003.1
516 aa
N
1
258
516
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 234-438 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 235-500 aa
XP_057768004.1
516 aa
N
1
258
516
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 234-438 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 235-500 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767999.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 234 438 2.7e-46 158.8 Protein kinase domain
XP_057767999.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 235 500 1.5e-51 175.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057768000.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 234 438 2.7e-46 158.8 Protein kinase domain
XP_057768000.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 235 500 1.5e-51 175.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057768001.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 234 438 2.7e-46 158.8 Protein kinase domain
XP_057768001.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 235 500 1.5e-51 175.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057768002.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 234 438 2.7e-46 158.8 Protein kinase domain
XP_057768002.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 235 500 1.5e-51 175.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057768003.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 234 438 2.7e-46 158.8 Protein kinase domain
XP_057768003.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 235 500 1.5e-51 175.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057768004.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 234 438 2.7e-46 158.8 Protein kinase domain
XP_057768004.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 235 500 1.5e-51 175.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912016.1
AATGGCGAAGACTATTCAATTGACCAAGAAAAATGCGATGAACTTCCTCGAGCGAGTCAAGAAATTTCCATGTGTACACCATCAAACAAAGTTTTGAATATTCTACTCCAAATTTCCTTTGTAAGACTAAAAAAACAAATACTCCCGAATAATCTCTAAACAAATGGGAGCCCACCAATTTTCAGGGATCCTTCCGCCTTCGGCCGGTCTGTCTAAACTCCCTTTTGATTCTTCTTTGACATTATCACTTCAATCATCAA...
XM_057912019.1
ATGGCGAAGACTATTCAATTGACCAAGAAAAATGCGATGAACTTCCTCGAGCGAGTCAAGAAATTTCCATGTGTACACCATCAAACAAAGTTTTGAATATTCTACTCCAAATTTCCTTTGTAAGACTAAAAAAACAAATACTCCCGAATAATCTCTAAACAAATGGGAGCCCACCAATTTTCAGGGATCCTTCCGCCTTCGGCCGCAGTTTCCTAAGGTTTTTGATTGTGGAGAGTGTGCTGGCTTGAGCAAAGGAATTT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130988230
ATGGGTCTGGTTTTGCTAACATTGTGCTTGCTTGTGGAATCTACGGTAACAGCTGCCTCGGGCTTGTTGGAGCATCAAACGGCTTGTGGAAAGTACCATATTAGTAACTCGGATGATCCTAGTCGTGAACTCTTTTATATTGATGGCAAATTGGTACATAGGTATTTCTTCTGTAAGGCTATGCGCGACTATCACGAGAGACAATGCTTTGTTCAGGAAAATATCAGAAATAAGTATTGCCAGTCATTAGAGAAATTGCC...
LOC130988230
ATGGGTCTGGTTTTGCTAACATTGTGCTTGCTTGTGGAATCTACGGTAACAGCTGCCTCGGGCTTGTTGGAGCATCAAACGGCTTGTGGAAAGTACCATATTAGTAACTCGGATGATCCTAGTCGTGAACTCTTTTATATTGATGGCAAATTGGTACATAGGTATTTCTTCTGTAAGGCTATGCGCGACTATCACGAGAGACAATGCTTTGTTCAGGAAAATATCAGAAATAAGTATTGCCAGTCATTAGAGAAATTGCC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057767999.1
MGLVLLTLCLLVESTVTAASGLLEHQTACGKYHISNSDDPSRELFYIDGKLVHRYFFCKAMRDYHERQCFVQENIRNKYCQSLEKLPLLYGRKSLHDVVRDRYSEIDNDKTTLGGKDKYDNPVLKPKMLAMAVPAFFLLCCTLVCPCFQAKKKDTGHTVLSKEPNSIDSISSLEMNPILEKFVGSPQRVPPSPLRVPPSPSRFSMSPKLNRLGSIHLNMHQVAKATQNFSSSLLIGEGGFGTVYKGELPDGQVVAIKRAR...
XP_057768000.1
MGLVLLTLCLLVESTVTAASGLLEHQTACGKYHISNSDDPSRELFYIDGKLVHRYFFCKAMRDYHERQCFVQENIRNKYCQSLEKLPLLYGRKSLHDVVRDRYSEIDNDKTTLGGKDKYDNPVLKPKMLAMAVPAFFLLCCTLVCPCFQAKKKDTGHTVLSKEPNSIDSISSLEMNPILEKFVGSPQRVPPSPLRVPPSPSRFSMSPKLNRLGSIHLNMHQVAKATQNFSSSLLIGEGGFGTVYKGELPDGQVVAIKRAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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