Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000684`

染色体: Chr06 坐标: 6057799-6058457 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000684`
名称	SmilChr06G000684
描述	uncharacterized mitochondrial protein AtMg01250-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	6057799 - 6058457 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990408`
GeneID	`130990408`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990408`
原始查询	`SmilChr06G000684`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`ATMG01250` - identity=30.9; qcov=0.615; evalue=1.25e-12; confidence=low
Rice	`Os03g0643433` - identity=38; qcov=0.927; evalue=6.84e-26; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990408

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057770629.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057770629.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770629.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770629.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770629.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:6057806`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A10,A14,A3,B13,B47,B60,C7
`Chr6:6057869`	`CGA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	A10,A14,A3,B13,B60,C7
`Chr6:6057887`	`GGT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B49,B79
`Chr6:6057887`	`GGT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B49,B79
`Chr6:6057893`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:6057901`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A14,A3,B13,C7
`Chr6:6057918`	`AGG`	`*`	2bp_deletion	CDS_variant	5	A10,A14,A3,B13,C7
`Chr6:6057926`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B8,C79
`Chr6:6057938`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr6:6057940`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B133,C64
`Chr6:6057940`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B133,C64
`Chr6:6057941`	`TGC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B133,C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770629.1

179 aa

179

RVT_1

PF00078 RVT_1 6-163 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770629.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	6	163	1.7e-14	54.9	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914646.1
ATGCTTGAGAGACTGAATTTCCACCCAACTTGGAGGAATTGGATCAAAGGGTGCTTATCCTCAGCTTCAGCGAATGTGTTGGTTAATGGGTCGCCGTCAGGAGAGTTCTACCTTGAAAAAGGTCTCCGTCAAGGAGACCCTTTGCCGCCTTTCCTTTTCCTCATAGTCGCCGAAGGGCTGCAATCACTCACGGATAGAGCAGTGACTAGGAAGCTGATACATCCTGTAGAGATTGGCAGAGAGAAGGTGAAAATTTCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990408
ATGCTTGAGAGACTGAATTTCCACCCAACTTGGAGGAATTGGATCAAAGGGTGCTTATCCTCAGCTTCAGCGAATGTGTTGGTTAATGGGTCGCCGTCAGGAGAGTTCTACCTTGAAAAAGGTCTCCGTCAAGGAGACCCTTTGCCGCCTTTCCTTTTCCTCATAGTCGCCGAAGGGCTGCAATCACTCACGGATAGAGCAGTGACTAGGAAGCTGATACATCCTGTAGAGATTGGCAGAGAGAAGGTGAAAATTTCCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770629.1
MLERLNFHPTWRNWIKGCLSSASANVLVNGSPSGEFYLEKGLRQGDPLPPFLFLIVAEGLQSLTDRAVTRKLIHPVEIGREKVKISHLQYADDTIFILDKKEENAEAVRHLLKLFQFMSGLKVNFGKSCLVGIGVDDATTERWAAKLQCEVGSVPFKFLGIKVGGKLKSVVDSFILYYT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器