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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000687

染色体: Chr06 坐标: 6075117-6077611 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000687
名称SmilChr06G000687
描述heptahelical transmembrane protein 1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6075117 - 6077611 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988234
GeneID130988234
locus_tag-
NCBI NameLOC130988234
原始查询SmilChr06G000687

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heptahelical transmembrane protein 1-like
产物heptahelical transmembrane protein 1-like
ArabidopsisAT5G20270 (HHP1)
heptahelical transmembrane protein1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832149]
identity=52.4; qcov=0.928; evalue=5.05e-126; confidence=high
RiceOs06g0643700 (ADIPOR1)
-
identity=57; qcov=0.872; evalue=6.82e-115; confidence=high
GOGO:0009725 (response to hormone); GO:0016020 (membrane); GO:0038023 (signaling receptor activity)
KEGGsmil04081 (Hormone signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03006 (HlyIII)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988234

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057768007.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768007.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768007.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768007.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768007.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6076891 G GAC 2bp_insertion frameshift_variant 16 A24,B12,B16,B35,B46,B52,B62,B72,B84,C2,C25,C29,C32,C52,C53,C68
Chr6:6077040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B4,C21,C37,C74
Chr6:6077070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B80
Chr6:6077115 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr6:6077205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr6:6077300 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B23
Chr6:6077300 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B23
Chr6:6077302 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768007.1
376 aa
N
1
188
376
HlyIII
C
PF03006 HlyIII 92-357 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768007.1 Pfam PF03006 HlyIII Family 92 357 3.7e-64 217.2 Haemolysin-III related

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912024.1
GTGAAACCTAACTCTTGAGACAGTCAAATAACTCAAGCAACCAAACAAACCCATTCCTTTATATATTTGGGTTGTTGGTGCAGTTAGTTGCTCATTACTCTCTTCTCCACACACACGTATATTCTCCCATCAAAATTCCAATCCCACATCTCGACTATCATCACACAAAACATAAATTAAATTGATCATAGCTAGCTAGGGTTTTCACATTTCTTGCTAAATCCATAATCAGGATTTTGTGCATGAGAAAACCAGCATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988234
ATGATCACTGTTTGGAGGAGGAGGAAAATCCAGATGGATCATGACGAGAACCGGAAGATTTATCTCTTGAGTGAATCGGAAGCAGTGACGGAGATGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGACGACGACGATTGATGATGATGATGACGATGATGGGAAAAATTACCGATTTTTATCGTTCAACGAGCTGCCGGAATACATGAAGGATAATGAGTATATCTTGGATTATTATAGGGCTAATTGGCCTCTCAAAGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768007.1
MITVWRRRKIQMDHDENRKIYLLSESEAVTEMKKKKKKKKKTTTIDDDDDDDGKNYRFLSFNELPEYMKDNEYILDYYRANWPLKEALFSIFRWHNETLNVWTHLLGFMLFVGLTVANLIHVPHVADFIAMISEQFPTTAEGNASKNLVSLSTSRVATPWVVEVNEGGGGGGGLRRWPLYVFLCGSMLCLLCSSVCHLFSCHSRRLSLQLLRLDYVGIAVMIITSFFPPIYYIFQCSPGWQLLYLSGITAMGLCTMAALL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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